无法正确合并2个分支

Question

我正在使用Eclipse git，项目在eclipse中。我最近与另一个分支合并，我遇到了问题。我的项目是这样的：

->project/
    ->configuration/
    ->source/
    ->tools/

代码在configurations和source文件夹中正确合并，但不在tools文件夹中合并。

另一个分支在tools中有一个名为eth的文件夹，该文件夹未与我的分支合并。我的分支在eth中没有该文件夹tools。

帮助我。