Question

应该使用什么样的算法将FASTA序列重新排列成长度顺序（最短的第一个）？它需要按顺序对序列进行排序，但显示所有信息，而不仅仅是长度。

我可以使用Bio::FastaFormat#length对序列的'长度'进行排序，将长度放入数组中，然后排序：

require 'rubygems'
require 'bio'

file = Bio::FastaFormat.open(ARGV.shift)
seqarray = []
file.each do |seq|
  a = seq.length
  seqarray.push a
end

puts seqarray.sort

按顺序显示序列长度，但我需要能够看到的是原始的FASTA格式，按长度顺序排列。

我无法将seq.length（每个序列的长度）添加到seq.entry（整个fasta格式）然后排序，因为seq.length是一个整数而seq.entry给出字符串。我尝试转换seq.length.to_s，将其添加到seq.entry，然后排序。这是我最接近的，不幸的是，长度是一个字符串，所以他们订购1,11,111而不是1,2,3等。

require 'rubygems'
require 'bio'

file = Bio::FastaFormat.open(ARGV.shift)
seqarray = []
file.each do |seq|
  a = (seq.length).to_s + ' = length' + seq.entry
  seqarray.push a
end
puts seqarray.sort

执行此操作后，我尝试使用sequence_id代替整个条目，而不是将长度转换为字符串，但id中有字母，所以我无法添加长度整数而不会收到错误消息。

所以是的，有什么建议吗？

Answer 1

我认为你可以使用“how to sort a ruby array of strings by length”。

使用链接中描述的lambda将数组映射到新数组。

像这样：

require 'rubygems'
require 'bio'

file = Bio::FastaFormat.open(ARGV.shift)
seqarray = []
file.each do |seq|
    seqarray.push seq
end

puts seqarray.sort_by {|x| x.length}

按长度重新排列FASTA格式文件中的序列？

1 个答案: