Question

我有类似的序列 A C T G - - C A G T. G - - C A. 我存储在一个文本文件中。如果有 - 在文件中我想分配值0并显示0而不是i G，A，T，C与1,2,3,4相同

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
     while((s=br.readLine())!=null)
      {
        System.out.println(s);

      }

   }
}

Answer 1

您可以使用String的replace()实例方法。

String newString = s.replace("-", "0");

您也可以将它们连在一起。

newString = s.replace("G","1").replace("A","2").replace("T","3").replace("C","4");

replace返回带有替换的新字符串，因为String是一个不可变类。

如果您的测试数据非常大（我的意思是非常大），那么编写您自己的替换方法可能是值得的，该方法只循环一次字符串并替换每个字符。使用一些替换来测试并查看是否存在性能问题。

Answer 2

您可以按如下方式设置地图：

Map<Character, Integer> map = new HashMap<Character, Integer>(5);
map.put('-', 0);
map.put('G', 1);
map.put('A', 2);
map.put('T', 3);
map.put('C', 4);

现在，您可以采取以下措施：

String dna = "A C T G - - C A G T G - - C A";

StringBuilder result = new StringBuilder(dna.length());
for (int i = 0; i < dna.length(); i++) {
    char c = dna.charAt(i);

    if (map.containsKey(c))
        result.append(map.get(c));
    else
        result.append(c);
}

System.out.println(result);

2 4 3 1 0 0 4 2 1 3 1 0 0 4 2

Answer 3

readLine为您提供了一行String

0）使用键G，A，T，C和值1,2,3,4

创建一个映射

1）从String line

获取字符数组

2）创建变量charVal

3）遍历字符数组

4）对于每个字符，将charVal初始化为0，从该映射获取该char的值，将其分配给charVal

5）打印charVal

P.S。：正确关闭资源

Answer 4

正如Sotirios所说，使用Map将绑定键绑定到相应的值。您可以迭代Map并将replace()应用于您拥有的String（抱歉格式不佳）：

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      Map<Character, Character> replacements = new HashMap<Character, Character>();
      replacements.put('-', '0');
      replacements.put('G', '1');
      // ....
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
      while((s=br.readLine())!=null) {
          for ( Map.Entry<Character, Character> entry : replacements.entrySet() ) {
              s = s.replace(entry.getKey(), entry.getValue());
          }
        System.out.println(s);

      }

   }
}

正如Cemafor所说，如果你担心表现，那么也许你应该使用String.replaceAll()一次性完成所有替换。

为java中的字符赋值

4 个答案: