Question

我正在尝试制作一个主要使用matplotlib的交互式程序来制作相当多点（10k-100k左右）的散点图。现在它可以工作，但更改需要很长时间才能呈现。少量积分是可以的，但一旦数量上升，匆忙就会令人沮丧。所以，我正在研究加速分散的方法，但我没有太多运气

有明显的做事方式（现在实施的方式）（我意识到绘图重绘没有更新。我不想通过大量调用随机来改变fps结果。）

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib as mpl
import time


X = np.random.randn(10000)  #x pos
Y = np.random.randn(10000)  #y pos
C = np.random.random(10000) #will be color
S = (1+np.random.randn(10000)**2)*3 #size

#build the colors from a color map
colors = mpl.cm.jet(C)
#there are easier ways to do static alpha, but this allows 
#per point alpha later on.
colors[:,3] = 0.1

fig, ax = plt.subplots()

fig.show()
background = fig.canvas.copy_from_bbox(ax.bbox)

#this makes the base collection
coll = ax.scatter(X,Y,facecolor=colors, s=S, edgecolor='None',marker='D')

fig.canvas.draw()

sTime = time.time()
for i in range(10):
    print i
    #don't change anything, but redraw the plot
    ax.cla()
    coll = ax.scatter(X,Y,facecolor=colors, s=S, edgecolor='None',marker='D')
    fig.canvas.draw()
print '%2.1f FPS'%( (time.time()-sTime)/10 )

快速提供0.7 fps

或者，我可以编辑scatter返回的集合。为此，我可以改变颜色和位置，但不知道如何改变每个点的大小。我认为这看起来像这样

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib as mpl
import time


X = np.random.randn(10000)  #x pos
Y = np.random.randn(10000)  #y pos
C = np.random.random(10000) #will be color
S = (1+np.random.randn(10000)**2)*3 #size

#build the colors from a color map
colors = mpl.cm.jet(C)
#there are easier ways to do static alpha, but this allows 
#per point alpha later on.
colors[:,3] = 0.1

fig, ax = plt.subplots()

fig.show()
background = fig.canvas.copy_from_bbox(ax.bbox)

#this makes the base collection
coll = ax.scatter(X,Y,facecolor=colors, s=S, edgecolor='None', marker='D')

fig.canvas.draw()

sTime = time.time()
for i in range(10):
    print i
    #don't change anything, but redraw the plot
    coll.set_facecolors(colors)
    coll.set_offsets( np.array([X,Y]).T )
    #for starters lets not change anything!
    fig.canvas.restore_region(background)
    ax.draw_artist(coll)
    fig.canvas.blit(ax.bbox)
print '%2.1f FPS'%( (time.time()-sTime)/10 )

这导致0.7 fps的速度变慢。我想尝试使用CircleCollection或RegularPolygonCollection，因为这样我可以轻松地更改大小，而且我不关心更改标记。但是，我无法画画，所以我不知道他们是否会更快。所以，在这一点上，我正在寻找想法。

Answer 1

我经历了几次试图加速散点图的大量积分，不同尝试：

不同的标记类型
限制颜色
减少数据集
使用热图/网格代替散点图

这些都没有奏效。 Matplotlib在散点图方面效果不是很好。我唯一的建议是使用不同的绘图库，虽然我没有亲自找到一个合适的。我知道这并没有多大帮助，但它可以为你节省几个小时无果而终的修补。

Answer 2

我们正积极致力于大型matplotlib散点图的性能。我鼓励您参与对话（http://matplotlib.1069221.n5.nabble.com/mpl-1-2-1-Speedup-code-by-removing-startswith-calls-and-some-for-loops-td41767.html），更好的是，测试已提交的提取请求，以便为类似案例（https://github.com/matplotlib/matplotlib/pull/2156）提高生活质量。< / p>

HTH

加速matplotlib散点图

2 个答案: