Question

我有一个数据框（golubdf），有3051个基因和38个列（2个类标签 - 27个列，一个标签：0,11列其他标签：1）。我需要编写一个for循环来迭代500次，在每次迭代中，数据框的列被混洗（类标签混合），Wilcox测试计算所有基因和所有基因的最大检验统计量保存在列表中：

t.test.all.genes <- function(x,s1,s2) {
    x1 <- x[s1]
    x2 <- x[s2]
    x1 <- as.numeric(x1)
    x2 <- as.numeric(x2)
    t.out <- wilcox.test(x1,x2, alternative="two.sided", exact=F, correct=T)
    out <- as.numeric(t.out$statistic)
    return(out)
}

prs = replicate(500, apply(golubdf[ ,sample(ncol(golubdf))], 1, 
                t.test.all.genes, s1=labels==0, s2=labels==1))
 ps.max = apply(prs, 1, max)

我不确定这是否正确 - 我是否需要使用行或列？因为我需要对所有基因使用行（1）的最大检验统计量。在此之后，我需要从最大测试统计列表中获取95％值测试统计信息，这是我不知道如何使其工作。

Answer 1

ps.max = apply（prs，1，max）行会导致错误。试试ps.max = max（prs）。另外，根据您的要求，您必须将您的输出保存在列表中。首先创建一个空列表，如下所示：

myList中＆LT; -list（）。然后在for循环中继续将最大值插入列表。

由于

R中的Wilcox.test（最大测试统计）

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