Question

我有一个脚本，首先定义一系列变量，然后运行带有这些变量的程序。但是，脚本被Grid Engine拒绝（它在工作站上工作，但作为阵列作业的一个组件，它需要通过SGE运行）因为变量被读作命令，导致“找不到命令”响应。

使用以下内容完全复制错误：

#!/bin/bash
#$ -M not.real@email.address
#$ -m be
#$ -o /scratch/MScGWAS/Output
#$ -e /scratch/MScGWAS/Errors
#$ -q long.q
#$ -cwd
CHR=$1
CHUNK_START=`printf "%.0f" $2`
CHUNK_END=`printf "%.0f" $3`

输出示例：

CHR=1: Command not found.
CHUNK_START=1: Command not found.
CHUNK_END=5000000: Command not found.

如何让GridEngine使用bash作为此脚本的解释器？

Answer 1

您没有使用bash执行脚本，但使用不同的shell（例如tcsh）。

Answer 2

听起来你的网格引擎集群配置了posix_compliant模式的队列和/ bin / csh作为默认shell。在posix_compliant模式中，最初的＃！被忽略，您需要通过命令行开关或适当的＃$指令指定shell。将以下行添加到脚本中应该有效：

＃$ -S / bin / bash

在Oracle / Sun GridEngine中执行bash脚本

2 个答案: