在ggplot2中叠加两个不同格式的qplots

Question

我有两个散点图，基于不同但相关的数据，使用ggplot2中的qplot（）创建。 （学习ggplot并不是优先事项，因为到目前为止qplot已满足我的需求。我想要做的是叠加/覆盖两个图表，以便每个图表的x，y数据绘制在相同的绘图空间中。复杂的是，我希望每个情节都保留其格式/美学。

有问题的数据来自对应分析的行和列分数 - 来自corresp()的{​​{1}} - 所以两个数据集之间的数据行数（即样本或分类单元）不同。我可以轻松地将两个乐谱集合在一起。通过组合两个数据集，或者更简单地使用MASS函数。

但是，我一直在使用qplot来获得完全符合我需要的情节;将样本绘制为颜色编码符号，将分类绘制为标签：

biplot()

和

PlotSample <- qplot(DataCorresp$rscore[,1], DataCorresp$rscore[,2], 
                    colour=factor(DataAll$ColourCode)) + 
  scale_colour_manual(values = c("black","darkgoldenrod2",
                                 "deepskyblue2","deeppink2"))

任何人都可以建议一种方式

• 这两个地块（PlotTaxa <- qplot(DataCorresp$cscore[,1], DataCorresp$cscore[,2], label=colnames(DataCorresp), size=10, geom=“text”) 和PlotSample）可以叠加在一起，
• 两个数据集（PlotTaxa和DataCorresp$rscore）可以一起绘制，但格式不同，或者
• 可用于实现我的目标的另一个功能（例如DataCorresp$cscore）。

使用极其简化和虚构的数据集的工作流示例：

biplot()

双标图将产生这个图：/ r / 10wk1a8 / 5

PlotSample如下：/ r / i29cba / 5

PlotTaxa如下：/ r / 245bl9d / 5

编辑所以没有足够的代表来发布图片和不接受的色情链接（尽管https://meta.stackexchange.com/questions/60563/how-to-upload-images-on-stack-overflow）。因此，如果您将tinypic的URL添加到上述代码的开头，那么您将到达那里。

基本上我想创建双色图，但样本的颜色编码与PlotSample相同。

Answer 1

看看Gavin Simpsons ggvegan-package！

require(vegan)
require(ggvegan)
# some data
data(dune)

# CA
mod <- cca(dune)

# plot
autoplot(mod, geom = 'text')

为了更好地控制（或者如果你想坚持使用corresp()，你可能还想看看两个相关函数fortify.cca的代码（它包含cca中的数据）对象用于ggplot的可用格式）和autoplot.cca用于创建绘图。

我想从头开始，你必须将两个分数（网站和物种）包装成一个 data.frame（请参阅fortify.cca如何做到这一点并提取来自corresp()对象的相关值，并使用它来构建图。