Question

我目前拥有英国的shapefile，并绘制了英国不同地区的物种种群。到目前为止，我刚刚绘制了3个物种种群，并将它们染成红色=高，橙色= med，绿色=低。但我想做的是有一个梯度图而不是仅仅被3种颜色限制。到目前为止，我有一个名为Count的表，其中区域为列名，然后是下面每个区域的物种数。我的最低计数为0，最高计数为2500左右，计数区域与我的shapefile中的区域匹配。我有一个函数可以根据你自己输入的关卡确定什么是高，中，低？

    High<-colnames(Count)[which(Count>'input value here')]

然后将这些绘制到shapefile上，如下所示：

    plot(ukmap[(ukmap$Region %in% High),],col='red',add=T)

不幸的是我无法安装任何软件包，我正在考虑使用colorRamp，但我不确定该怎么办？

编辑：我的数据看起来像这样

      Wales   Midlands North Scotland South East South West
 1        551       32      124        1         49         28
 3         23       99      291      152        164        107
 4          1        7       17       11         21         14
 7        192       32       12        0          1          9
 9         98       97        5        1         21          0

并且第一列只是一个代表物种的数字，目前我有一个函数可以将计数绘制到英国shapefile上，但是基于high，med和low的边界。上面的数据没有附加到我的shapefile。然后我遍历我的数据集的每一行（种类）并为每一行（物种）绘制一个新的地图。

Answer 1

好吧，我会咬人的。我不会使用基数R因为plot对我来说太难理解，所以我们将使用ggplot2。

# UK shapefile found via http://www.gadm.org/download
uk.url <- "http://www.filefactory.com/file/s3dz3jt3vr/n/GBR_adm_zip"

# replace following with your working directory - no trailing slash
work.dir <- "C:/Temp/r.temp/gb_map"

# the full file path for storing file
file.loc <- paste0(work.dir, "/uk.zip")

download.file (uk.url, destfile = file.loc, mode = "wb")
unzip(file.loc, exdir = work.dir)

# open the shapefile
require(rgdal)
require(ggplot2)
uk <- readOGR(work.dir, layer = "GBR_adm2")

# use the NAME_2 field (representing counties) to create data frame
uk.map <- fortify(uk, region = "NAME_2")

# create fake count data...
uk.map$count <- round(runif(nrow(uk.map), 0, 2500), 0)

# quick visual check
ggplot(uk.map, aes(x = long, y = lat, group = group, fill = count)) +
    geom_polygon(colour = "black", size = 0.5, aes(group = group)) +
    theme()

这会生成下面的输出，这可能与您需要的类似。

screenshot

请注意，在这种情况下，我们不会明确指定渐变 - 我们只需将其保留为ggplot。如果您希望指定这些细节，可能会更多参与。如果你沿着那条路走下去，你应该在uk.map中创建另一个列，使用cut函数将每个计数分配到（例如）10个箱中的一个。 uk.map数据框如下所示：

> str(uk.map)
'data.frame':   427339 obs. of  8 variables:
 $ long : num  -2.05 -2.05 -2.05 -2.05 -2.05 ...
 $ lat  : num  57.2 57.2 57.2 57.2 57.2 ...
 $ order: int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ hole : logi  FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
 $ piece: Factor w/ 234 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ group: Factor w/ 1136 levels "Aberdeen.1","Aberdeenshire.1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ id   : chr  "Aberdeen" "Aberdeen" "Aberdeen" "Aberdeen" ...
 $ count: num  1549 1375 433 427 1282 ...
>

Answer 2

好的，这是一个不使用ggplot的替代解决方案（我将保留ggplot解决方案以供参考）。这段代码很简单，但它应该足以让您了解如何使其适应您自己的数据。

# UK shapefile found via http://www.gadm.org/download
uk.url <- "http://www.filefactory.com/file/s3dz3jt3vr/n/GBR_adm_zip"

# replace following with your working directory - no trailing slash
work.dir <- "C:/Temp/r.temp/gb_map"

# the full file path for storing file
file.loc <- paste0(work.dir, "/uk.zip")

download.file (uk.url, destfile = file.loc, mode = "wb")
unzip(file.loc, exdir = work.dir)

# open the shapefile
require(rgdal)
uk <- readOGR(work.dir, layer = "GBR_adm2")

# make some fake data to plot
uk@data$count <- round(runif(nrow(uk@data), 0, 2500), 0)
uk@data$count <- as.numeric(uk@data$count)

# and plot it
plot(uk, col = gray(uk@data$count/2500))

代码的结果如下图所示。

screenshot

编辑跟随请求包含一个图例，我稍微调整了一下代码但是老实说我不明白基础R的legend功能是否足以获得生产质量，我不希望进一步研究。（顺便提一下帽子提示到this question的想法。）看一下代码下方的情节表明我们需要重新排序图例颜色等，但我会将其作为练习留给原始海报或作为另一个问题发布

# UK shapefile found via http://www.gadm.org/download
uk.url <- "http://www.filefactory.com/file/s3dz3jt3vr/n/GBR_adm_zip"

# replace following with your working directory - no trailing slash
work.dir <- "C:/Temp/r.temp/gb_map"

# the full file path for storing file
file.loc <- paste0(work.dir, "/uk.zip")

download.file (uk.url, destfile = file.loc, mode = "wb")
unzip(file.loc, exdir = work.dir)

# open the shapefile
require(rgdal)
uk <- readOGR(work.dir, layer = "GBR_adm2")

# make some fake data to plot
uk@data$count <- as.numeric(round(runif(nrow(uk@data), 0, 2500), 0))
uk@data$bin <- cut(uk@data$count, seq(0, 2500, by = 250), 
      include.lowest = TRUE, dig.lab = 4)

# labels for the legend
lev = levels(uk@data$bin)
lev2 <- gsub("\\,", " to ", lev)
lev3 <- gsub("\\]$", "", lev2)
lev4 <- gsub("\\(|\\)", " ", lev3)
lev5 <- gsub("^\\[", " ", lev4)
my.levels <- lev5

# Create a function to generate a continuous color palette
rbPal <- colorRampPalette(c('red','blue'))
uk@data$Col <- rbPal(10)[as.numeric(cut(uk@data$count, seq(0, 2500, by = 250)))]

# Plot
plot(uk, col = uk@data$Col)
legend("topleft", fill = uk@data$Col, legend = my.levels, col = uk@data$Col)

screenshot

Answer 3

您是否尝试过colorRampPalette？

以下是尝试构建渐变调色板的方法

       gradient_color <- colorRampPalette(c("blue", "red"))
       gradient_color(10)

[1]“＃0000FF”“＃1C00E2”“＃3800C6”“＃5500AA”“＃71008D”“＃8D0071”“＃AA0055” [8]“＃C60038”“＃E2001C”“＃FF0000”

示例情节

     plot(rep(1,10),col=gradient_color(10))

R：shapefile上的渐变图

3 个答案: