Question

我有一组文件需要应用rpart算法。其中一些文件的计算时间太长。我怎样才能跳过这种情况（例如需要一个多小时的情况）并继续下一个？

for (i in num)
{
print(i)
infilename  = filenames[i]
tmpData = read.table(infilename, header = TRUE,  sep= "\t")
retval = rpart(fmla[i],  dat=tmpData, method = "class")
print (retval)
}

编辑：根据来自@Dwin的建议，我正在做以下但是它不起作用。我在哪里做错了？

for (i in num)
{
print(i)
infilename  = filenames[i]
tmpData = read.table(infilename, header = TRUE,  sep= "\t")
retVal= NULL
setTimeLimit(cpu=10)
retval = try(rpart(fmla,  dat=tmpData, method = "class") )
print (retval)
}

Answer 1

因为您只是使用常规R函数（而不是从头开始编码），所以您需要想出一些方法来估计导致过多时间的条件。如果rpart的乘积超过某个阈值，这可能是一个查看数据框维度并跳过下一个dim(dfrm)计算的测试。

retval = if(prod(dim(tmpData)) < 1e6) {
                rpart(fmla[i],  dat=tmpData, method = "class") }

请注意，此时您将在每次循环迭代时覆盖retval，而不是将其存储到持久对象中。

您也可以尝试使用函数setTimeLimit和setSessionLimit，但这些会引发错误情况，您可能需要将代码置于try函数内以便正常恢复：

 setTimeLimit(cpu=2)
for (i in 4:8) {x <- 1:10^i;x=x^3}
 max(x)
#[1] 1e+24
# did not exceed the limits
x^(1/3)
#[1]     1     2     3     4     5     6     7Error: reached CPU time limit

突然停止执行命令并继续执行下一个命令

1 个答案: