Question

我在LAN上有两台服务器，全新安装了Centos 6.4 minimal和R 3.0.1。两台计算机都安装了doParallel，snow和snowfall软件包。

服务器可以很好地互相服务。

当我尝试向任一方向创建群集时，我会收到密码提示，但输入密码后，它会无限期挂起。

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username")

我该如何解决这个问题？

编辑：

我也尝试在上面提到的计算机上调用makePSOCKcluster，其主机能够用作从属设备（来自其他计算机），但它仍然挂起。那么，是否可能存在防火墙问题？我也尝试使用带端口22的makePSOCKcluster：

> makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",port=22)
Error in socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  port 22 cannot be opened

这是我的iptables

# Firewall configuration written by system-config-firewall
# Manual customization of this file is not recommended.
*filter
:INPUT ACCEPT [0:0]
:FORWARD ACCEPT [0:0]
:OUTPUT ACCEPT [0:0]
-A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
-A INPUT -p icmp -j ACCEPT
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 22 -j ACCEPT
-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
-A FORWARD -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
COMMIT

Answer 1

您可以在创建群集对象时将“outfile”选项设置为空字符串开始：

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",outfile="")

这使您可以查看终端中工作人员的错误消息，这有望提供问题的线索。如果这没有帮助，我建议使用手动模式：

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",outfile="",manual=TRUE)

这会绕过ssh，并显示要执行的命令，以便在不同的终端中手动启动每个worker。这可以发现诸如未安装的R软件包之类的问题。它还允许您使用您选择的任何调试工具来调试工作程序，尽管这需要一些工作。

如果执行指定命令后makePSOCKcluster没有响应，则表示该工作程序无法连接到主进程。如果工作人员未显示任何错误消息，则可能表示存在网络问题，可能是由于防火墙阻止了连接。由于makePSOCKcluster默认情况下在R 3.X中使用随机端口，因此您应为端口指定显式值，并将防火墙配置为允许连接到该端口。

要测试网络或防火墙问题，您可以尝试使用“netcat”连接到主进程。在手动模式下执行makePSOCKcluster，指定所需工作主机的主机名和本地计算机上应允许传入连接的端口：

> library(parallel)
> makePSOCKcluster("node03", port=11234, manual=TRUE)
Manually start worker on node03 with
   '/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=node01
PORT=11234 OUT=/dev/null TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE

现在在“node03”上启动一个终端会话，并使用“MASTER”和“PORT”的指示值作为参数执行“nc”：

node03$ nc node01 11234

主进程应立即返回消息：

socket cluster with 1 nodes on host ‘node03’

虽然netcat应该不显示任何消息，因为它正在从套接字连接中静静地读取。

但是，如果netcat显示消息：

nc: getaddrinfo: Name or service not known

然后你有一个主机名解析问题。如果您可以找到与netcat一起使用的主机名，则可以通过“master”选项指定该名称来使makePSOCKcluster正常工作：makePSOCKcluster("node03", master="node01", port=11234)。

如果netcat立即返回，则可能表示它无法连接到指定的端口。如果它在一两分钟后返回，则可能表明它根本无法与指定的主机通信。在任何一种情况下，检查netcat的返回值以验证它是错误：

node03$ echo $?
1

希望这能为您提供有关您可以从网络管理员那里获得帮助的问题的足够信息。

R：在doParallel /降雪中制作集群

1 个答案: