Question

我已经编写了单个Xeon Phi节点的代码（其上有61个内核）。我有两个文件。我在调用任何其他mpi调用之前调用了MPI_Init（2）。我找到了ntasks，排名也使用mpi调用。我还包括了所有必需的库。我仍然得到一个错误。你能帮帮我吗？

在档案1中：

 int    buffsize;
 int    *sendbuff,**recvbuff,buffsum;
 int *shareRegion;
 shareRegion = (int*)gInit(MPI_COMM_WORLD, buffsize, ntasks);   /* gInit is in file 2 */
 buffsize=atoi(argv[1]);
 sendbuff=(int *)malloc(sizeof(int)*buffsize);
 if( taskid == 0 ){
   recvbuff=(int **)malloc(sizeof(int *)*ntasks);
   recvbuff[0]=(int *)malloc(sizeof(int)*ntasks*buffsize);
   for(i=1;i<ntasks;i++)recvbuff[i]=recvbuff[i-1]+buffsize;
 }
 else{
   recvbuff=(int **)malloc(sizeof(int *)*1);
   recvbuff[0]=(int *)malloc(sizeof(int)*1);
 }

 for(i=0;i<buffsize;i++){
     sendbuff[i]=1;

 MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

 call(sendbuff, buffsize, shareRegion, recvbuff[0],buffsize,taskid,ntasks);

在文件2中：

 void* gInit( MPI_Comm comm, int size, int num_proc)
 {
    int share_mem = shm_open("share_region", O_CREAT|O_RDWR,0666 );

    if( share_mem == -1)
     return NULL;
    int rank;
    MPI_Comm_rank(comm,&rank);

    if( ftruncate( share_mem, sizeof(int)*size*num_proc) == -1 )
       return NULL;

    int* shared =  mmap(NULL, sizeof(int)*size*num_proc, PROT_WRITE | PROT_READ,    MAP_SHARED, share_mem, 0);

    if(shared == (void*)-1)
       printf("error in mem allocation (mmap)\n");

    *(shared+(rank)) = 0

    MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

    return shared;
 }

 void call(int *sendbuff, int sendcount, volatile int *sharedRegion, int **recvbuff, int recvcount, int rank, int size)
 {
    int i=0;
    int k,j;
    j=rank*sendcount;
    for(i=0;i<sendcount;i++)
    {
      sharedRegion[j] = sendbuff[i];
      j++;
    }

    if( rank == 0)
      for(k=0;k<size;k++)
        for(i=0;i<sendcount;i++)
        {

           j=0;
           recvbuff[k][i] = sharedRegion[j];
           j++;

        }
 }

然后我在这个recvbuff上的文件1中做了一些计算。 使用sharedRegion变量时出现此分段错误。

Answer 1

MPI 代表消息传递范例。这意味着，流程（排名）是隔离的，通常在分布式计算机上运行。它们通过显式通信消息进行通信，最近的版本也允许单方面但仍然明确的数据传输。您不能假设共享内存可用于进程。看看任何MPI教程，看看如何使用MPI。

由于您未指定正在运行的机器类型，因此任何进一步的建议都纯属推测。如果您实际上在共享内存计算机上，则可能需要使用真正的共享内存范例，例如OpenMP的。

Answer 2

虽然可以将MPI限制为仅使用一台机器并具有共享内存（参见RMA章节，特别是在MPI-3中），但如果您只使用一台机器，则更容易使用其他一些范例

但是，如果您要使用多个节点并在一个节点上拥有多个排名（例如多核流程），那么可能值得一看MPI-3 RMA以了解它如何帮助您具有本地共享内存和远程内存访问。关于这个主题有很多论文，但由于它们是如此新颖，所以还没有很多好的教程。你需要挖掘一下才能找到对你有用的东西。

Answer 3

这两行的顺序：

shareRegion = (int*)gInit(MPI_COMM_WORLD, buffsize, ntasks);   /* gInit is in file 2 */
buffsize=atoi(argv[1]);

建议buffsize在调用gInit之前和之后可能有不同的值。如果在调用buffsize时，程序的第一个参数中传递的gInit大于其初始值，则稍后将发生越界内存访问并导致分段错误。

提示：从调试器内部（例如mpirun）运行您的代码作为MPI单例（例如，没有gdb）或更改限制，以便在出现错误时转储核心（例如使用{{ 1}}）然后用调试器检查核心文件。使用调试信息进行编译（例如，将ulimit -c unlimited添加到编译器选项中）在这种情况下会有很多帮助。

在Xeon Phi上使用open_shm创建的共享内存时出现分段错误

3 个答案: