我以为我找到了一种方法,可以使用以下代码与foreach
进行可重现的doSNOW
循环
library(foreach)
library(doSNOW)
library(parallel)
ncores <- 2
cl <- makeCluster(ncores)
registerDoSNOW(cl)
foreach(i=1:ncores) %dopar% {
set.seed(i)
rnorm(1)
}
stopCluster(cl)
因为我在foreach循环中使用了种子,所以我总是得到相同的结果(独立于计算机/操作系统),即
[[1]]
[1] -0.6264538
[[2]]
[1] -0.8969145
但是如果我使用randomForest函数,我会得到不同的结果,具体取决于操作系统:
library(foreach)
library(doSNOW)
library(parallel)
library(randomForest)
set.seed(123)
ncores <- 2
cl <- makeCluster(ncores)
registerDoSNOW(cl)
nr <- 1000
x <- matrix(runif(100000), nr)
y <- gl(4, nr/4)
trainX <- x[1:800,]
trainY <- y[1:800]
testX <- x[801:nrow(x),]
testY <- y[801:length(y)]
rf <- foreach(i=1:ncores, ntree=rep(100, ncores), .packages='randomForest', .combine=combine) %dopar% {
set.seed(i)
randomForest(trainX, trainY, ntree=ntree)
}
stopCluster(cl)
pred <- predict(rf, new=testX)
每个Windows计算机(我已尝试过2台Windows计算机)
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
给了我以下输出
table(pred)
1 2 3 4
60 68 72 0
使用
在Linux计算机上运行相同的代码(我已经尝试了2台Linux计算机)R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
给了我以下输出
table(pred)
1 2 3 4
69 58 73 0
我在foreach循环中使用了种子,所以我认为它应该给我相同的结果,但是对于具有相同操作系统的计算机,它只给出了相同的结果。
为什么这只发生在randomForest
而不发生在rnorm
?
我可以使用doSNOW
做一些事情来获得Windows和Linux计算机之间相同的结果吗?
我知道使用doRNG
会更好,但如果有可能,我希望doSNOW
得到相同的结果......