我无法弄清楚如何使用python NetworkX软件包使用分子动力学模拟的原子坐标生成图形。理想情况下，如果我可以“移交”原子坐标并获得一个图形，其中节点是原子和边缘是最近的邻居，那将是很好的。我还需要生成最短路径环。一种解决方案可能是使用Scipy.spatial.KDTree模块获取最近的邻居，并手动插入此类结果中的节点和边。有没有人有其他想法？
感谢您的帮助！
-SB
答案 0 :(得分：1)
如果你还在寻找这个，我写了一个python脚本，它完全符合你的要求：来自原子坐标的最短路径环。
http://sourceforge.net/projects/polypy/
我正在研究C ++版本。
答案 1 :(得分：0)
你使用scipy.spatial.KDTree的想法听起来不错。看一下这个应该可以帮助你完成大部分工作的例子：NetworkX Random Geometric Graph Implementation using K-D Trees