Question

我有多个要读取的文件，还有热图，然后保存输出。不知何故，我的代码存在问题，我无法弄清楚它为什么不起作用。文件：mxn.dat，scu.dat，emun.dat，ser.dat

files <- list.files(pattern=".dat")
for (i in length(files)){
data <-read.table(files[i],row.names=1,header=T,sep='\t')
  for in length(files){
  png('i.png') 
  pheatmap(t(data[i]), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T, cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
  } 
}

为了让代码正常运行，我们将不胜感激。

由于

罗布

Answer 1

不是一个可重复的例子，所以我无法测试这是否有效（不知何故，我认为这太局部化，对未来的访问者没用），但也许试试这个......

files <- list.files(pattern=".dat")

for (i in 1:length(files)){
  data <-read.table( files[i],row.names=1,header=T,sep='\t')
  png( paste0( i , '.png' ) )
    pheatmap( t( data ), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T, cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
  }

Answer 2

SimonO101解决方案的变化：

files <- list.files(pattern=".dat")

for( f in files )
{
  data <-read.table( f, row.names = TRUE, header = TRUE, sep = '\t' )
  png( gsub( "pdf", "png", f ) )
  pheatmap( t( data ), cellwidth = 32, cellheight = 14, fontsize = 5, show_colnames =  T,    cluster_cols = FALSE)
  dev.off()
}

易于阅读（我相信）并且具有保留原始文件名的优点（？），只更改扩展名。

多个文件用于阅读和保存

2 个答案: