Question

我尝试编译Fortran应用程序来编写HDF5文件。我的编译器是gfortran 4.7.2。具体来说，我正在尝试创建一个具有一组当前尺寸和最大尺寸的数据空间。我希望最后一个维度具有无限的最大维度。 Fortran HDF5没有太多文档，但我能够通过将相关维度设置为H5S_UNLIMITED_F来确定这一点。该值应该计算为-1，但在我的应用程序中，它的计算结果为0，这会导致运行时错误，因为0小于相应的当前维度（在我的情况下为20）。这是错误：

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.11) thread 0:
  #000: H5S.c line 1388 in H5Screate_simple(): maxdims is smaller than dims
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value

我编译了一个使用相同H5S_UNLIMITED_F参数（h5_extend.f90）的HDF5附带的Fortran示例，但对于该应用程序，参数的计算结果为-1并且没有问题。

我可能做错了什么？

下面是我编写的一个测试程序，用于复制项目中出现的问题：

program simple_test

use hdf5
implicit none

integer :: irank, hdferr
integer(hsize_t) :: ny, nx, nz
real, dimension(:,:,:), allocatable :: dset
character (len = 256) :: hdf_file, dlab
integer(hid_t) :: file_handle, mem_space, file_space, dset_handle
integer(hsize_t), dimension(:), allocatable :: dim_array, max_array

irank = 3
ny = 10
nx = 15
nz = 20
allocate (dset(ny, nx, nz))
hdf_file = 'simple_test.hdf5'
dlab = 'simple_data'
allocate (dim_array(irank))
allocate (max_array(irank))

dim_array = (/ ny, nx, nz /)
max_array = (/ ny, nx, H5S_UNLIMITED_F /)

print *, 'h5s_unlimited_f: ', h5s_unlimited_f
print *, 'dim_array: ', dim_array
print *, 'max_array: ', max_array

call h5open_f(hdferr)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error opening HDF5 Fortran interface.'
end if

! Create a new file.
call h5fcreate_f(hdf_file, H5F_ACC_TRUNC_F, file_handle, hdferr)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error creating HDF5 file.'
end if

! Create memory dataspace.
call h5screate_simple_f(irank, dim_array, mem_space, hdferr, max_array)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error creating HDF5 memory dataspace.'
end if

! Create the dataset.
call h5dcreate_f(file_handle, trim(dlab), H5T_IEEE_F32LE, mem_space, &
        dset_handle, hdferr)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error creating HDF5 dataset.'
end if

! Create file dataspace.
call h5screate_simple_f(irank, dim_array, file_space, hdferr, max_array)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error creating HDF5 file dataspace.'
end if

call h5dwrite_f(dset_handle, H5T_IEEE_F32LE, dset, dim_array, hdferr, &
        mem_space, file_space)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error writing HDF5 dataset.'
end if

call h5close_f(hdferr)
if (hdferr .eq. -1) then
    print *, 'Error closing HDF5 Fortran interface.'
end if

deallocate (dset)
deallocate (dim_array)
deallocate (max_array)

end program simple_test

第一次调用h5s_create_simple_f失败了。如果我将内存数据空间更改为不使用max_array参数（因为它是可选的，在我的情况下可能是不必要的），那么在第二次调用h5s_create_simple_f时我仍会得到相同的错误。

我正在编译如下：

gfortran -c simple_test.f90 -o simple_test.o -I<hdf5_include_path>
gfortran -o simple_test simple_test.o -L<hdf5_lib_path> -lhdf5_fortran -lhdf5hl_fortran

我也尝试将max_array(irank)设置为-1，但这会产生完全不同的错误。

Answer 1

（最初的问题是H5S_UNLIMITED_F是一个通过调用H5open_f初始化的变量，在不允许初始化之前引用它。）

您确定对H5S_create_simple_f的调用失败了吗？您的回溯表示库的数据集部分出现错误。

我希望数据集创建失败，因为对于可变大小的数据集，您需要指定块大小。使用H5Pcreate_f创建属性列表，然后使用H5Pset_chunk_f设置块大小，然后在调用H5Dcreate_f的错误参数后提供该属性列表。评论如果这没有意义，我会挖出一个例子。

为什么Fortran HDF5的无限最大尺寸参数（H5S_UNLIMITED_F）评估为零而不是-1？

1 个答案: