Question

所以我有一个python脚本生成一个networkx图并将其导出为.graphml，我希望脚本也能够在加载网络的情况下打开cytoscape而无需对用户部分进行任何操作。我明白了：

cytoscape.bat -N C:\Somepath\with\a\networkx.graphml

我使用它时工作正常。同样如下：

cd "C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0"
cytoscape.bat

但是，我似乎无法让os.system或subprocess正常运行，我目前的配置是：

p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0")
stdout, stderr = p.communicate()

但抛出了一个未找到文件的异常。

我一直在阅读有关运行.bats和执行cmd操作的其他stackoverflow帖子和python文档，并且可以使基础工作正常。然而，这似乎有点复杂，我不知道我哪里出错了！

根据要求我例外：

找不到文件和路径异常错误：

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0
.0\"")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 267] The directory name is invalid

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0
")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

稍有不同的JVM错误，它由以下代码生成：

os.system("\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0/cytoscape.bat\"")

Error: missing `server' JVM at `C:\Program Files (x86)\Java\jre7\bin\server\jvm.
dll'.
Please install or use the JRE or JDK that contains these missing components.
C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0

Answer 1

来自the documentation：

“如果cwd不是None，则子节点的当前目录在执行之前将更改为cwd。请注意，在搜索可执行文件时不会考虑此目录，因此您无法指定程序的相对于CWD。“

您必须将命令的完整路径传递给subprocess.Popen。

使用cmd和Python在Cytoscape中打开网络文件

1 个答案: