Question

我有一个使用Torque / Moab运行的R脚本。但是，挂钟时间限制比脚本完成所需的时间短得多。由于要解决的问题的性质，脚本不能再并行化。

我修改了脚本以按特定时间间隔备份工作区，并从备份中恢复以继续计算。

但是，我需要一个解决方案，只要需要，就可以在达到挂钟时间限制后自动将脚本重新提交回Torque / Moab调度程序。

感谢。

Answer 1

你是否有权力增加你的挂号时间@提交？如果是这样，你可以在提交脚本中做到这样的事情：

#PBS -l walltime='00:00:00:00" #( DD:HH:min:SS)

如果不是我同意Manetheran，你必须写一个小客户来检查。

Answer 2

要做的标准事情是制作提交自己的脚本。这称为链接。作为一个简单的bash示例，假设以下脚本为/path/to/script.sh，并且JOB_ID表示引用特定Torque设置的变量（可能是PBS_JOBID？）

#!/bin/bash
#MSUB OPTIONS...

#(
#sleep 60 #for example
msub -l depend=${JOB_ID} /path/to/script.sh > /path/to/next_job.msub
#)&

[do hard work here: run your r script, etc.]

canceljob $(cat /path/to/next_job.msub)

这里的关键是next_job行，它提交一个新的作业（通过依赖）只会在当前作业完成时运行（无论它是否死亡或正常完成）。如果＆＃34;努力工作＆＃34;步骤完成，然后取消后续工作。但是，如果＆＃34;努力工作＆＃34;由于挂钟时间（或其他原因）中断了步骤，从未到达canceljob命令，并且最终提交的作业将运行。

我通常将提交内容包装在parens中，稍微睡一会，并使用&（即我取消注释第4行，第5行和第7行）以将该进程与主脚本分离。这样，如果＆＃34;努力工作＆＃34;有一个问题，并在第一分钟左右失败，该过程终止，你不会得到一个非常短但失败的工作链。

如何在达到挂钟时间限制后自动将R脚本重新提交给Torque / Moab？ R扭矩

2 个答案: