如何在python中将多个输入传递给管段?

时间:2013-07-12 16:36:25

标签: python subprocess pipe bioinformatics

我正在构建一个数据管道,将原始文件处理成二进制文件。文件很大并且有多个步骤,因此尽可能避免写入磁盘是有利的。很容易获取一个子进程的输出并使其成为另一个子进程的输入,但是如何处理需要多个输入文件的子进程?特别是:

我有两个进程对两个文件A和B进行操作,这两个文件输出文件A'和B'。下一个命令使用以下shell语法

bwa sampe referencefile A' B' A B

需要五个文件。如果将A'和B'写入磁盘,则可以使用shell=True轻松完成此操作,但这是我想要避免的。如何实现标准输出 - > stdin关系,避免写入磁盘,并维护正确的顺序?

1 个答案:

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'named pipe':bash命令是否适用于python?

bwa sampe referencefile <(bwa aln ref fastq1)  <(bwa aln ref fastq2) fastq1 fastq2

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