ggplot2：绘制2个变量（线和点）并对齐2个图

Question

我最近开始使用ggplot2但是我发现了很多困难......此时我只想将2个不同的变量绘制成一个带点和线的图（类型=两者都在绘图函数中），并且这个结果图放置并对齐在共享相同x轴的直方图上方。

所以我有这个data.frame：

GO.df <- data.frame(GO.ID=paste("GO",c(1:29),sep=""),
                    occ=c(1:29),
                    pv=c(5.379594e-05, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02),
                    adj.pv=c(0.004088492, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.042000065, 0.042000065, 0.042000065, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.047652596, 0.047652596, 0.047652596))

想重现这个：

plot(GO.df$pv, type="b", col="red", ylim=c(0,0.05),ylab="",xlab="",xaxt="n")
lines(GO.df$adj.pv, type="b", col="blue")
axis(1, at=c(1:length(GO.df$GO.ID)), labels=GO.df$GO.ID, las=2)

在直方图上方（变量“occ”）并与之对齐。 这是我到目前为止使用的ggplot2：

#install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
#install.packages("reshape")
library(reshape)
#install.packages("gridExtra")
library(gridExtra)

GO.df2 <- melt(GO.df, measure.vars=c("pv", "adj.pv"))
p1 <- ggplot(GO.df2, aes(x=GO.ID, y=value, colour=variable)) + geom_point() + ylab("p-values") + xlab(NULL)
p2 <- ggplot(GO.df2, aes(x=GO.ID, y=occ)) + geom_bar(stat="identity") + ylab("Num of Ocurrences")
grid.arrange(
  p1, 
  p2,
  nrow = 2,
  main = textGrob("GO!", vjust = 1, gp=gpar(fontface = "bold", cex = 1.5)))

如您所见，我无法：

1 - 绘制线条和点

2 - 数据没有散布在周围，但是在两个图中都按照应有的顺序排序（顺序用绘图函数维护）。

3 - 将两个图对齐，它们之间的距离最小，而上图中没有x轴。

4 - 将图块对齐但仍然保持上面的图例。

我希望你能帮助我，我仍然是ggplots2的新手。非常感谢！

Answer 1

我可能不会使用grid.arrange，而是做更像这样的事情：

    dat <- rbind(GO.df2,GO.df2)
    dat$grp <- factor(rep(c('p-values','Num of Ocurrences'),each = nrow(GO.df2)),
                      levels = c('p-values','Num of Ocurrences'))
    dat$GO.ID <- factor(dat$GO.ID,levels = unique(dat$GO.ID))

ggplot(dat,aes(x = GO.ID)) + 
    facet_grid(grp~.,scales = "free_y") +
    geom_point(data = subset(dat,grp == 'p-values'),
               aes(y = value,colour = variable)) + 
    geom_line(data = subset(dat,grp == 'p-values'),
              aes(y = value,colour = variable,group = variable)) + 
    geom_bar(data = subset(dat,grp == 'Num of Ocurrences'),
             aes(y = occ),stat = "identity") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) +
    ylab("")

绘制线条只需要添加geom_line，并确保正确设置分组。

与ggplot中的其他内容一样，对x轴进行排序只需要创建一个因子并正确排序。

对齐这些情节无疑是有点棘手的。它有助于尝试按摩刻面以完成大部分对齐。为此，我rbind将您的数据的两个副本放在一起，并创建了一个分组变量，它将作为不同的y轴标签。

然后我们可以使用facet_grid强制小平面条在y轴上，允许自由y标度，然后只将相应的数据子集传递给每个geom。

感谢agstudy，提醒我使用theme旋转x轴标签。

Answer 2

虚拟刻面的替代方案，如果您想要单独控制每个绘图，

library(gtable) ; library(grid)

p1 <- qplot(GO.ID, value, colour=variable, group = variable, 
            data = GO.df2, geom=c("point", "line")) +
  theme(plot.margin = unit(c(1, 1, -0.5, 0.5), "lines"),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank())

p2 <- qplot(GO.ID, occ, data = GO.df2, geom="bar", stat="identity") +
  theme(plot.margin = unit(c(0, 1, 0.5, 0.5), "lines"))

g1 <- ggplotGrob(p1)
g2 <- ggplotGrob(p2)
g2 <- gtable::gtable_add_cols(g2, widths=unit(0,"mm"))
g <- gtable:::rbind_gtable(g1, g2, "first")

grid.newpage()
grid.draw(g)