Question

如何并行运行for循环（因此我可以使用Windows机器上的所有处理器），结果是3维数组？我现在的代码大约需要一个小时才能运行，如下所示：

guad = array(NA,c(1680,170,15))
for (r in 1:15)
{
  name = paste("P:/......",r,".csv",sep="")
  pp = read.table(name,sep=",",header=T)
    #lots of stuff to calculate x (which is a matrix)
  guad[,,r]= x  #
}

我一直在查看相关问题并认为我可以使用foreach，但我找不到将矩阵组合成数组的方法。

我是并行编程的新手，所以非常感谢任何帮助！

Answer 1

您可以使用foreach功能abind执行此操作。这是一个使用doParallel包作为并行后端的示例，该后端非常便携：

library(doParallel)
library(abind)
cl <- makePSOCKcluster(3)
registerDoParallel(cl)
acomb <- function(...) abind(..., along=3)
guad <- foreach(r=1:4, .combine='acomb', .multicombine=TRUE) %dopar% {
  x <- matrix(rnorm(16), 4)  # compute x somehow
  x  # return x as the task result
}

这使用一个名为acomb的组合函数，它使用abind包中的abind函数将集群工作者生成的矩阵组合成一个三维数组。

在这种情况下，您还可以使用cbind合并结果，然后修改dim属性，将生成的矩阵转换为3维数组：

guad <- foreach(r=1:4, .combine='cbind') %dopar% {
  x <- matrix(rnorm(16), 4)  # compute x somehow
  x  # return x as the task result
}
dim(guad) <- c(4,4,4)

使用abind非常有用，因为它可以通过各种方式组合矩阵和数组。此外，请注意重置dim属性可能会导致矩阵重复，这可能是大型阵列的问题。

请注意，最好使用stopCluster(cl)在脚本末尾关闭群集。

并行`for`循环，以数组作为输出

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