Question

我有一个R脚本接受命令行参数，我希望将其转换为Rtex或Rnw文件，并使用如下命令编写：

knit('myScript.Rtex "-args arg1=a arg2=b"')

但我无法弄清楚如何将我的命令行参数放入myScript.Rtex [由args <- commandArgs()进行评估]。我试图避免编写可能包含相同信息的临时文件，并由myScript.Rtex读取，因为这似乎不必要的不整洁。请有人提供建议/解决方案吗？

所以，长话短说，如何最好地将信息放入.Rnw文件中与.R文件中处理命令行参数等效（或至少类似）的块中？

编辑：合并以下评论中的代码

我想在计算中使用它们。例如，我有一个像

一样运行的R脚本

R CMD BATCH --slave --no-save --no-restore "--args input=blah" myScript.R

现在我想将相同的参数传递给myScript.Rnw，这是myScript.R的一个版本，但是散布了LaTeX和R代码块。因此，更广泛的问题只是针对编织器报告处理对我有用，我需要一种方法来更改运行报告的数据。我有一个解决方法 - 但我肯定想知道我是否可以将命令行参数传递给我的.Rnw文件中的一个块。现在我做不到。

这是我的解决方法：

#!/bin/bash
if [ $# -ne 2 ];
  then ` echo "Usage: $0 refdir cmpdir" exit 1`
fi
export CSPP_VIIRS_EDR_REFERENCE_DIR=$1
export CSPP_VIIRS_EDR_COMPARISON_DIR=$2
script=$(dirname $0)'/viirs_edr_UseR_compare.Rnw'
R --slave --no-save --no-restore -e "require(knitr); knit('$script')" &> viirs_edr_UseR_compare.log
pdflatex viirs_edr_UseR_compare.tex
exit 0

我在* viirs_edr_UseR_compare.Rnw *中使用Sys.getenv()来提取我想要传递的参数，例如 CSPP_VIIRS_EDR_REFERENCE_DIR 。

Answer 1

您可以编写R脚本而不是bash脚本：

my_script_launcher.R

library(knitr)
args <- commandArgs(TRUE)
if (length(args) < 2) stop("Bad args, usage refdir cmpdir")

refdir <- args[1]
cmpdir <- args[2]

knit2pdf('my_script.Rnw')

my_script.Rnw

\documentclass{article}
\begin{document}
refdir=\Sexpr{refdir}
cmpdir=\Sexpr{cmpdir}
\end{document}

然后你像这样启动它：

Rscript my_script_launcher.R foo bar

Answer 2

我遇到了同样的问题，最后使用了以下命令（使用make）：

# set parameters
P1=some parameter
P2=some other parameter

# top target
all : report.html

# convert Markdown to HTML
%.html : %.md
    Rscript -e 'require(markdown);markdownToHTML("$<","$@")'

# knit Rmd passing parameters
%.md : %.Rmd
    Rscript -e 'param1<-$(P1);param2<-$(P2);require(knitr);knit("$<")'

在report.Rmd我可以在代码块中使用str(c(param1,param2))，运行make会生成包含chr [1:2] "some parameter" "some other parameter"的HTML文件。

如果您没有使用make，只需指定knit的方式以及获取参数的位置，我就可以帮助您根据需要调整解决方案。

如何在knitr源文件中使用命令行参数？

编辑：合并以下评论中的代码

2 个答案:

my_script_launcher.R

my_script.Rnw