是否有相当于2D数组的scipy.signal.deconvolve?

时间:2013-07-04 15:30:14

标签: numpy scipy convolution

我想用点扩散函数(PSF)去卷积2D图像。我已经看到有一个scipy.signal.deconvolve函数适用于一维数组,scipy.signal.fftconvolve可以解析多维数组。 scipy中是否有特定的函数来解卷积2D数组?

我已经定义了一个fftdeconvolve函数,用f divconvolve替换产品:

def fftdeconvolve(in1, in2, mode="full"):
    """Deconvolve two N-dimensional arrays using FFT. See convolve.

    """
    s1 = np.array(in1.shape)
    s2 = np.array(in2.shape)
    complex_result = (np.issubdtype(in1.dtype, np.complex) or
                      np.issubdtype(in2.dtype, np.complex))
    size = s1+s2-1

    # Always use 2**n-sized FFT
    fsize = 2**np.ceil(np.log2(size))
    IN1 = fftpack.fftn(in1,fsize)
    IN1 /= fftpack.fftn(in2,fsize)
    fslice = tuple([slice(0, int(sz)) for sz in size])
    ret = fftpack.ifftn(IN1)[fslice].copy()
    del IN1
    if not complex_result:
        ret = ret.real
    if mode == "full":
        return ret
    elif mode == "same":
        if np.product(s1,axis=0) > np.product(s2,axis=0):
            osize = s1
        else:
            osize = s2
        return _centered(ret,osize)
    elif mode == "valid":
        return _centered(ret,abs(s2-s1)+1)

但是,以下代码在解卷和反卷后不会恢复原始信号:

sx, sy = 100, 100
X, Y = np.ogrid[0:sx, 0:sy]
star = stats.norm.pdf(np.sqrt((X - sx/2)**2 + (Y - sy/2)**2), 0, 4)
psf = stats.norm.pdf(np.sqrt((X - sx/2)**2 + (Y - sy/2)**2), 0, 10)

star_conv = fftconvolve(star, psf, mode="same")
star_deconv = fftdeconvolve(star_conv, psf, mode="same")

f, axes = plt.subplots(2,2)
axes[0,0].imshow(star)
axes[0,1].imshow(psf)
axes[1,0].imshow(star_conv)
axes[1,1].imshow(star_deconv)
plt.show()

生成的2D阵列显示在下图的下一行中。如何使用FFT反卷积恢复原始信号?

enter image description here

2 个答案:

答案 0 :(得分:9)

使用来自SciPy的fftpack包的fftn,ifftn,fftshift和ifftshift的这些函数似乎有效:

from scipy import fftpack

def convolve(star, psf):
    star_fft = fftpack.fftshift(fftpack.fftn(star))
    psf_fft = fftpack.fftshift(fftpack.fftn(psf))
    return fftpack.fftshift(fftpack.ifftn(fftpack.ifftshift(star_fft*psf_fft)))

def deconvolve(star, psf):
    star_fft = fftpack.fftshift(fftpack.fftn(star))
    psf_fft = fftpack.fftshift(fftpack.fftn(psf))
    return fftpack.fftshift(fftpack.ifftn(fftpack.ifftshift(star_fft/psf_fft)))

star_conv = convolve(star, psf)
star_deconv = deconvolve(star_conv, psf)

f, axes = plt.subplots(2,2)
axes[0,0].imshow(star)
axes[0,1].imshow(psf)
axes[1,0].imshow(np.real(star_conv))
axes[1,1].imshow(np.real(star_deconv))
plt.show()

左下角的图像显示了上行中两个高斯函数的卷积,右下角显示了卷积效果的反转。

enter image description here

答案 1 :(得分:4)

请注意,除了演示目的之外,除了傅里叶域中的除法去除对任何事情都没有用。任何类型的噪音,甚至数字,都可能使你的结果完全无法使用。人们可以通过各种方式规范噪音;但根据我的经验,RL iteration更易于实施,并且在许多方面更具有物理上的合理性。