我应该如何使用轻松构建基于应用程序，漂亮， PHP / MySQL 的移动网站：HTML5 Boilerplate，jQuery Mobile或其他什么？
我不太明白两者之间的差异，或者是否有更好的东西。
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你不需要选择。有很多工具，大多数可以一起工作。 HTML5BP和jQuery Mobile是完全不同的东西，可以一起使用。
在codecademy上学习一些课程并从那里开始。
熟悉jQuery和html5基本知识后，请查看Angular.js或Knockout.js等框架。这些框架将为您提供“寻找应用程序”的感觉。