基于列排序命令bash对制表符分隔文件进行排序

Question

我正在尝试根据第四列对此文件进行排序。我希望文件根据第四列的值重新排序。

档案：

2   1:103496792:A   0   103496792
3   1:103544434:A   0   103544434
4   1:103548497:A   0   103548497
1   1:10363487:T    0   10363487

我希望它像这样排序：

1   1:10363487:T    0   10363487
2   1:103496792:A   0   103496792
3   1:103544434:A   0   103544434
4   1:103548497:A   0   103548497

我试过这个命令：

sort -t$'\t' -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k 4,4 <filename>

但是我得到非法的变量名称错误。有人可以帮我吗？

Answer 1

要对第四列进行排序，请仅使用-k 4,4选择器。

sort -t $'\t' -k 4,4 <filename>

您可能还希望-V更自然地对数字进行排序。例如，产生1 2 10而不是1 10 2（词典顺序）。

sort -t $'\t' -k 4,4 -V <filename>

如果您收到有关$'\t'的错误，请确保您的shell是bash。也许您在脚本顶部缺少#!/bin/bash？

Answer 2

我相信你的命令中有一个错误的$。

尝试：

sort -t\t -nk4