Question

我有一个Shiny应用程序，它可以计算一类遗传关联研究的功效估计值。 ui.R很简单，server.R有一个给出数据框的函数（我想我不能把这个函数作为reactive，因为它有一些参数）。

Gist的链接是here。要运行它：

library(shiny)
shiny:: runGist('5895082')

该应用程序正确计算估算值，但我有两个问题：

是否可以让output$powTable实际上代表第一个sliderInput(n.cases)中范围内包含的所有值？它似乎只代表范围的两个极端值......我做错了什么？
运行应用时出错：

Error: Reading objects from shinyoutput object not allowed.

如何从函数f()传递数据（反应性？）来提供ggplot？经过多次反复试验，我很失落。我的代码中的错误在哪里？很多人提前结束了！

该功能的原始代码运作良好:(已编辑）

 f <- function(ncases, p0, OR.cas.ctrl, Nh, sig.level) {
num.cases <- ncases
p0 <- p0
Nh <- Nh
OR.cas.ctrl <- OR.cas.ctrl
sig.level <- sig.level
# Parameters related to sig.level, from [Table 2] of Samuels et al.
# For 90% power and alpha = .05, Nscaled = 8.5
    if (sig.level == 0.05){
A <- -28 # Parameter A for alpha=.05
x0 <- 2.6 # Parameter x0 for alpha=.05
d <- 2.4 # Parameter d for alpha=.05
    }
    if (sig.level == 0.01){
A <- -13 # Parameter A for alpha=.01
x0 <- 5 # Parameter x0 for alpha=.01
d <- 2.5 # Parameter d for alpha=.01
    }
    if (sig.level == 0.001){
A <- -7 # Parameter A for alpha=.001
x0 <- 7.4 # Parameter x0 for alpha=.001
d <- 2.8 # Parameter d for alpha=.001
    }
    out.pow <- NULL # initialize vector
for(ncases in ncases){
    OR.ctrl.cas <- 1 / OR.cas.ctrl # 1. CALCULATE P1 FROM A PREDEFINED P0, AND A DESIRED OR
    OR <- OR.ctrl.cas
    bracket.pw <- p0 / (OR - OR*p0) # obtained after isolating p1 in OR equation [3].
    p1 <- bracket.pw / (1 + bracket.pw)
    Nh037 <- Nh^0.37 # 2. CALCULATE NSCALED
    num.n <- num.cases*((p1-p0)^2)
    den.n <- (p1*(1-p1) + p0*(1-p0))*Nh037
    Nscaled <- num.n/den.n
    num.power <- A - 100 # 3. CALCULATE POWER
    den.power <- 1 + exp((Nscaled - x0)/d)
    power <- 100 + (num.power/den.power) # The power I have to detect a given OR with my     data, at a given alpha
    }
OR <- OR.cas.ctrl
out.pow <- data.frame(num.cases, Nh, Nscaled, p0, OR, sig.level, power)
out.pow
} 

mydata <- f(ncases=seq(50,1000, by=50), 0.4, 2.25, 11, 0.05)
mydata

library(ggplot2)
print(ggplot(data = mydata, aes(num.cases, power)) +
theme_bw() +
theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) +
labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
    scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
xlab("number of cases/controls") +
ylab("power") +
scale_x_log10() +
geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))

Answer 1

首先，我认为n.cases的名字不一致。它有时是n.cases，有时是ncases。这是一个错误吗？

无论如何，output$mydata()不正确。它不是输出。它应该只是：

mydata <- reactive(f(input$n.cases,
  input$p0,
  input$OR.cas.ctrl,
  input$Nh,
  input$sig.level))

然后在output$powHap()执行时，它应该是：

output$powHap <- renderPlot(
{
   print(ggplot(data = mydata(), aes(ncases, power)) + 
     theme_bw() + 
     theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) + 
     labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
     scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
     xlab("number of cases/controls") +
     ylab("power") +
     scale_x_log10() +
     geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
     geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))
})

您需要做的重要部分是：

data = mydata()

而不是

data = output$mydata

因为output$mydata是（反应性）功能。

我建议阅读the documentation on how reactives work。之后整个事情应该更有意义。顺便说一句，这是一个非常可重复的例子。这就是所有问题的发布方式。

使用shinyServer中的函数创建数据以提供ggplot

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