使用ggplot2制作带分类轴的散点图

Question

我有一个看起来像这样的数据集：

region    expression    species/gene
reg1      4             humanA
reg1      5             humanB
reg1      4             ratA
reg1      6             ratB
reg2      3             humanA
reg2      5             humanB
reg2      8             ratA
reg2      2             ratB

其中我想绘制沿x轴的region1-n和y轴上的表达值，用物种/基因的值进行颜色编码。我还想绘制每个物种/基因组的趋势线，并在边缘显示r值。理想情况下，我会使用格式

ggplot(data, aes(x=xvar, y=yvar)) +
geom_point(shape=1) +    
geom_smooth(method=lm) +
geom_point(shape=19, alpha=1/4) 

但我太过高尚，无法弄清楚如何将这与我的数据纠缠在一起。提前谢谢！

Answer 1

试试这个例子：

library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(x=region,y=expression,
   group=species.gene,color=species.gene)) + 
  geom_line()