Question

我正在使用ggplot2对两种不同物种进行箱线图比较，如下面第三列所示：

> library(reshape2)
> library(ggplot2)
> melt.data = melt(actb.raw.data)

> head(actb.raw.data)
  region  expression species
1     CG -0.17686667   human
2     CG -0.06506667   human
3     DG  1.04590000   human
4    CA1  1.94093333   human
5    CA2  1.55023333   human
6    CA3  1.75800000   human

> head(melt.data)
  region species   variable       value
1     CG   human expression -0.17686667
2     CG   human expression -0.06506667
3     DG   human expression  1.04590000
4    CA1   human expression  1.94093333
5    CA2   human expression  1.55023333
6    CA3   human expression  1.75800000

但是，当我运行以下代码时：

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
+     geom_boxplot() +
+     scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange"))
+     ggtitle("Expression comparisons for ACTB")
+     theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))

我收到此错误：

> ggplot(actb.raw.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
+     + geom_boxplot() +
+     + scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange"))
Error in +geom_boxplot() : invalid argument to unary operator
> + ggtitle("ACTB expression in human vs. macaque")
Error in +ggtitle("ACTB expression in human vs. macaque") : 
 invalid argument to unary operator
> + theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))
Error in inherits(x, "theme") : argument "e2" is missing, with no default

当我使用变量melt.data运行时，也会发生这种情况。有人可以帮我解决这个问题吗？我之前使用格式相同的不同数据集成功运行此代码，我无法弄清楚这里出了什么问题。

Answer 1

看起来您可能在每行的开头插入了一个额外的+，R正在将其解释为一元运算符（如-解释为否定，而不是减法）。我认为可行的是

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
    geom_boxplot() +
    scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange")) + 
    ggtitle("Expression comparisons for ACTB") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))

也许您从R控制台的输出中复制并粘贴了？当输入不完整时，控制台在行的开头使用+。

Answer 2

posting multiline commands in R时这是一个众所周知的麻烦。（当您复制并粘贴行时source()脚本时，您可以获得不同的行为，包括多行和注释）

规则总是把悬挂的＆＃39; +＆＃39;在一行的结束，所以R知道命令未完成：

ggplot(...) + geom_whatever1(...) +
  geom_whatever2(...) +
  stat_whatever3(...) +
  geom_title(...) + scale_y_log10(...)

不要把悬挂的＆＃39; +＆＃39;在线的开头，因为这发痒 Error in "+ geom_whatever2(...) invalid argument to unary operator"

显然，不要把悬挂＆＃39; +＆＃39;在两端并开始，因为那是一个语法错误。所以，要养成保持一致的习惯：始终把＆＃39; +＆＃39;在行尾。

比照answer to "Split code over multiple lines in an R script"

Answer 3

这就是行开头的“+”运算符（不仅仅是你连续使用两个'+'运算符）。 '+'运算符可以在行的末尾使用，但不能在开头使用。

这有效：

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
geom_boxplot()

不会：

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species))
+ geom_boxplot() 

*Error in + geom_boxplot():
invalid argument to unary operator*

你也不能使用两个'+'运算符，在这种情况下你已经完成了。但要解决这个问题，你必须在行的开头有选择地删除它们。

Answer 4

尝试将语法合并为一行。这将清除错误

R：来自multiline ggplot2命令的“一元运算符错误”

4 个答案: