Question

啊，我正在编写一个Python脚本来过滤一些大型的CSV文件。

我只想保留符合我标准的行。

我的输入是以下格式的CSV文件

Locus         Total_Depth  Average_Depth_sample   Depth_for_17
chr1:6484996  1030         1030                   1030
chr1:6484997  14           14                     14
chr1:6484998  0            0                      0

我想返回Total_Depth为0的行。

我一直关注this answer来阅读数据。但我一直试图解析行并拉出符合我条件的行。

这是我到目前为止的代码：

import csv

f = open("file path", 'rb')
reader = csv.reader(f) #reader object which iterates over a csv file(f)
headers = reader.next() #assign the first row to the headers variable
column = {} #list of columns
for h in headers: #for each header
    column[h] = []
for row in reader: #for each row in the reader object
    for h, v in zip(headers, row): #combine header names with row values (v) in a series of tuples
        column[h].append(v) #append each value to the relevant column

我知道我的数据现在是字典格式，我想根据“Total_Depth”键过滤它，但我不确定如何做到这一点。我的目标是使用'if'语句来选择相关的行，但不确定如何使用字典结构。

任何建议都将不胜感激。 SB：）

Answer 1

使用列表理解。

import csv

with open("filepath", 'rb') as f:
    reader = csv.DictReader(f)
    rows = [row for row in reader if row['Total_Depth'] != '0']

for row in rows:
    print row

DictReader

Answer 2

如果存储了zip的完整结果，则可以在分配之前检查相应的标题：

...
for row in reader: #for each row in the reader object
    r = zip(headers, row):
    if r['Total_Depth'] == 0:
        for h, v in r:
            column[h].append(v)

Answer 3

您正在使用的列表字典使得行操作非常困难，因为您必须弄乱 C 并行列表。 namedtuples是收集和操作表格数据的一种更方便的方式。

其他答案可以满足您的确切问题。使用更友好的数据结构将有助于解决您明天遇到的问题。

如果行中的指定值与条件匹配，则从CSV返回一行

3 个答案: