R:如何绘制轮廓线来表示矩阵中的密度分布?

时间:2013-06-21 13:45:46

标签: r plot bioinformatics contour density-plot

我想绘制两个矩阵的等高线图:mat1和mat2。这是mat1的开头:

[1] 0.031445000 0.031998580 0.037815850 0.050032810 0.066761480 0.074132810 0.075448150 0.079179210 0.085722410 0.103220600 0.131116300 0.177236000
[14] 0.194627400 0.236644700

这是mat2的开头:

[1] 0.000000e+00 0.000000e+00 1.184210e-05 2.968287e-05 3.843773e-05 6.345658e-05 9.110675e-05 9.749519e-05 1.064792e-04 1.849712e-04 2.306780e-04
[11] 2.638524e-04 2.700246e-04 4.042935e-04 4.639618e-04 5.564263e-04 6.211335e-04 6.377825e-04 6.447199e-04 6.522688e-04 6.623886e-04 6.754198e-04

我的代码是:

x2=seq(mat1)
y2=seq(mat2)
z = outer(mat1, mat2)
filled.contour(x2, y2, z)

但我得到的图表的图表与我在矩阵中的值完全不同。它还使用颜色来显示密度。但我希望轮廓LINES代表密度。我应该使用什么功能?

我也尝试过:

filled.contour(mat1, mat2)

我得到的错误信息是:

Error in contour.default(x1, y1) : increasing 'x' and 'y' values expected

这没有意义,因为矩阵中的值已经在增加。

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