Question

我是编码的新手，在尝试制作自己的fastq masker时遇到了麻烦。第一个模块应该用+远修剪线，将序列标题（以＆gt;开头）修改为行号，同时分别保留序列和质量线（A，G，C，T线和Unicode分数））。

class Import_file(object):

def trim_fastq (self, fastq_file):
    f = open('path_to_file_a', 'a' )
    sanger = []
    sequence = []
    identifier = []
    plus = []
    f2 = open('path_to_file_b')

   for line in f2.readlines():
        line = line.strip()
        if line[0]=='@':
            identifier.append(line)
            identifier.replace('@%s','>[i]' %(line))

        elif line[0]==('A' or 'G'or 'T' or 'U' or 'C'):
            seq = ','.join(line)
            sequence.append(seq)

        elif line[0]=='+'and line[1]=='' :
            plus.append(line)
            remove_line = file.writelines()

        elif line[0]!='@' or line[0]!=('A' or 'G'or 'T' or 'U' or 'C') or line[0]!='+' and line[1]!='':
            sanger.append(line)

        else:
            print("Danger Will Robinson, Danger!")


    f.write("'%s'\n '%s'\n '%s'" %(identifier, sequence, sanger))
    f.close()

    return (sanger,sequence,identifier,plus)

现在提出我的问题。我运行了这个并没有出现错误，但是目标文件是空的。我想知道我做错了什么...这是我处理列表还是缺少.join的方式？如果这是重复，我很抱歉。很简单，我不知道这里的错误是什么。此外，重要提示......这不是一些功课，我只需要一个工作的掩码......任何帮助都非常感谢，所有提到的代码改进都受到欢迎。感谢。

注意（fastq格式）：

@SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50
TTGCCTGCCTATCATTTTAGTGCCTGTGAGGTGGAGATGTGAGGATCAGT

+

hhhhhhhhhhghhghhhhhfhhhhhfffffe`ee[`X]b[d[ed`[Y[^Y

编辑：仍然无法得到任何东西，但正在努力。

Answer 1

您的问题在于您对退货声明的理解。 return x表示停止执行当前函数并将x返回给任何调用它的人。在您的代码中，您有：

return sanger
return sequence
return identifier
return plus

当第一个执行（return sanger）时，函数的执行停止并返回sanger。第二到第四个返回语句永远不会被评估，最后你的I / O也不会被评估。如果你真的对返回所有这些值感兴趣，请在文件I / O之后移动它，并将它们中的四个打包为元组。

f.write("'%s'\n '%s'\n '%s'" %(identifier, sequence, sanger))
f.close()
return (sanger,sequence,identifier,plus)

这应该至少可以获得文件中的一些输出。无论输出是否符合您想要的格式，我都无法说出来。

编辑：刚刚注意到您使用的是/n，可能还需要\n，所以我在这里修改了答案。

Answer 2

除了@Brian所说的，你还有各种各样的错误。我猜你的if和else测试试图检查line的第一个字符？你可以用

做到这一点

if line[0] == '@':
    etc.

您可能需要尽快编写更多脚本，因此我建议您使用Python Tutorial，以便掌握基础知识。这是值得的。

将多个列表合并到一个文本文件中

2 个答案: