Question

假设我有一个字母：

A = ['A', 'T', 'C', 'G']

我想生成长度为n（n-mer）的所有可能组合。例如n=2: AA, AT, ..., GG。为了让事情变得有趣，我正在尝试以动态方式使用列表推导来生成这些内容。这在python中可能吗？唯一明显的路径是使用eval()并动态生成所需的字符串。但是，我很好奇，看看是否有一个不那么笨重的方法。

Answer 1

长度为2的每个可能的都是 - （但您可能在permutations之后combinations，combinations_with_replacement或itertools。 ..）

from itertools import product

A = ['A', 'T', 'C', 'G']
print list(product(A, repeat=2))

[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'A'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'A'), ('C', 'T'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'T'), ('G', 'C'), ('G', 'G')]

这相当于[(a,b) for a in A for b in A]，但如果你想要3,4，一千等等，那就更容易扩展......

Answer 2

>>> from itertools import combinations
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G']
>>> print list(combinations(A,2))
[('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'G')]

或者可能（以获得重复）：

>>> from itertools import combinations_with_replacement
>>> print list(combinations_with_replacement(A,2))
[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'G')]

Answer 3

假设您不同时需要'AT'和'TA'，那么itertools.combinations_with_replacement()可能正是您所寻找的：

>>> from itertools import combinations_with_replacement
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G']
>>> [''.join(x) for x in combinations_with_replacement(A, 2)]
['AA', 'AT', 'AC', 'AG', 'TT', 'TC', 'TG', 'CC', 'CG', 'GG']

在Python中生成动态列表推导

3 个答案: