Question

我有一个BED Interval文件，我正在尝试使用Galaxy在线工具。目前，文件中的每一行都以数字（代表染色体编号）开头。为了正确上传，我需要每行以“chr”开头，然后是数字。因此，例如以“2L”开头的行，我需要更改以便以“chr2L”开头，并对以数字开头的每个其他行（不仅仅是2L，有许多不同的数字）执行相同操作。我在想是否可以在每行的开头添加一个“chr”，而不会影响其他列，这会很棒，但我不知道该怎么做（对python来说很新）你能帮帮我吗？

感谢。

Answer 1

http://docs.python.org/2/library/stdtypes.html#file.writelines

with open('bed-interval') as f1, open('bed-interval-modified', 'w') as f2:
    f2.writelines('chr' + line for line in f1)

Answer 2

第一步打开文件

  file = open("somefile.txt")

第2步获取行

  lines = list(file.readlines())
  file.close()

第3步使用列表理解

   new_lines = ["chr"+line for line in lines]

步骤4将新行写回文件

   with open("somefile.txt","w") as f:
       f.writelines(new_lines)

为了不将所有行存储在内存中

   file1 = open("some.txt")
   file2 = open("output.txt","w")

   for line in file1:
       print >> file2, "chr"+ line

   file1.close()
   file2.close()

然后只需将output.txt复制到原始文件名

对python中BED / Interval文件中的每一行进行相同的更改

2 个答案: