Question

我遇到了与Rcpp接口的c ++代码可能存在的内存问题。我可以提出以下最小测试用例：

test.R：

require(Rcpp)
sourceCpp("test.cpp")
N <- 698153
testCpp(N)

TEST.CPP：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]] 
void testCpp(int N) {
    double closestLandmarks[N];
    int closestLandmarksIdx[N];
    IntegerVector l(10);
    // Fill the double and int vectors
    for (int j = 0; j < N; j++) {
        closestLandmarks[j] = 1;
        closestLandmarksIdx[j] = 2;
    } // j

    return;
}

运行Rscript test.R会导致堆栈溢出：Error: segfault from C stack overflow。基本上，这段代码分配了两个大小为N的数组（如果它们是int或double则无关紧要，它们会以相同的方式崩溃），实现大小为10的IntegerVector，并填充数组的前2个位置。我基本上可以在这里删除任何一行，它不会崩溃。它也不会因N＆lt; 698153（这个关键数字在机器之间有所不同...... 500000似乎总是安全的，而1e6在任何地方都崩溃了）。如果我只迭代直到j＆lt; 2代替j＆lt; N，即它尝试填充数组的第二个位置时。

我不明白为什么我应该遇到2个数组的内存问题我认为相当小（＆lt; 106）和非常小的IntegerVector。我的机器有足够的可用内存（24GB中有5GB）我可以在R中使用更多更大的向量/矩阵而没有任何问题。

我显然在这里错过了一些非常愚蠢的东西。我的代码出了什么问题？

Answer 1

double closestLandmarks[N];
int closestLandmarksIdx[N];

都被分配到堆栈中。对于大N，堆栈将溢出，这意味着堆栈上的空间很小。

您可以在堆上分配对象。 std::vector会为您做到这一点。我建议：

std::vector<double> closestLandmarks(N);
std::vector<int> closestLandmarksIdx(N);

这是一个有趣的阅读链接，教你堆栈和堆栈之间的区别： http://www.learncpp.com/cpp-tutorial/79-the-stack-and-the-heap/

Answer 2

您的堆栈空间不足。堆栈只有很多内存（存储局部变量的地方）。您需要使用动态分配：

double *closestLandmarks = new double[N];
int *closestLandmarksIdx = new int[N];

... 

delete [] closestLandmarks;
delete [] closestLandmarksIdx;

（或使用向量，如另一个答案所示）。

Rcpp：关于数组的段错误＆gt; 698152如果声明了IntegerVector

2 个答案: