Question

让strCellArr成为4000 * 1的单元格数组。每个单元格都是一个字符串。

判断每个单元格是否包含长度为100的字符串的最快方法是什么。

换句话说，我想要的东西和

一样

a= true;
For (i =0; i =length(strCellArr); i++)
    if length(strCellArr{i}) ~= 100
         a = false;
    end
end

相关问题：

我可以使用

将数组转换为4000 * 100的字符数组

charArr = char(strCellArr);

但是，这会在没有100个字符的行中引入空格。因此，如果第34行只有30个字符。然后

charArr(34)(50)

将返回一个空格。

在我的情况下（A，T，C或G），如何检查每个字符是否只包含某些字符。有没有办法不使用for循环呢？

Answer 1

哦，我只是喜欢那些以“最快的方式......”开头的问题。

以下是一些替代方案和比较：

% Initalize

map = 'CATG';     
strCellArr = cellfun(@(x) map(randi(4,100,1)),cell(4000,1), 'UniformOutput', false);


% Your original method 
tic
a = true;
for el = strCellArr
    if length(el{1}) ~= 100
         a = false;
         break;
    end
end
toc

% My solution 
tic
a = all(cellfun('length', strCellArr) == 100);
toc

% Dang Khoa's method
tic
a = all( cellfun(@(x) length(x) == 100, strCellArr) );
toc

% Engineero's method
tic
a = all(cellfun(@length, strCellArr) == 100);
toc

结果：

Elapsed time is 0.001158 seconds. % loop
Elapsed time is 0.000455 seconds. % cellfun; string argument
Elapsed time is 0.031897 seconds. % cellfun; anonymous function
Elapsed time is 0.006994 seconds. % cellfun; function handle

鲜为人知的事实：cellfun的字符串输入是指直接构建到cellfun二进制文件中的函数，因此不需要评估匿名函数。换句话说，cellfun不必在每次迭代中都通过MATLAB解释器，使 raging 快速运行:)

现在，问题的第二部分：

% Engineero
tic
A = 'ATCG';
all(all(ismember(char(strCellArr), A)));
toc

% My solution 
tic
C = char(strCellArr);
~any(C(:)==' ');
toc

结果：

Elapsed time is 0.061168 seconds. % ismember
Elapsed time is 0.005098 seconds. % direct comparison to whitespace

这种差异的产生是因为ismember是在MATLAB m代码中实现的，并且充满了用户友好性的代码（错误检查，错误，警告等），精心设计的概括，循环结构等等。其他一切都是性能损失。

由于我们事先知道只有空格会在将其转换为char时添加到数组中，我们不必须明确检查是否出现'A'，'C'，'T'，'G'，但仅限于 abscence 。意思是，只需寻找那些空间:)

毋庸置疑，这些时间所有几乎可以忽略不计，而这实际上更多是精神手淫而非真正有用。但它的乐趣！ :)

Answer 2

对于您的第一个问题，您可以使用all(cellfun(@length, strCellArr) == 100)，这将为＆＃34; true＆＃34;返回1如果单元格中的每个元素都有100个元素的长度。

对于第二个问题，您可以all(ismember(charArr, A))使用A = ['A', 'T', 'C', 'G']。有关详情，请参阅all和ismember上的文档。

Answer 3

对于你的第一个问题：这听起来像是cellfun的工作。 cellfun允许您对单元格数组中的每个单元格进行操作。（顺便说一句，arrayfun允许你在常规数组上执行相同操作）。（请注意，您的原始代码不是MATLAB语法，尤其是for循环。）

所以你可以做类似

的事情

res = cellfun(@(x) length(x) == 100, strCellArr);

此处res将是logical，因为==条件将评估为0或1.然后，您可以看到all的结果是否为1，即，strCellArr中的所有字符串长度为100：

a = all(res);
if a == 0
    disp('One or more strings does not have 100 characters!');
else
    disp('All strings have 100 characters!');
end

比较matlab中的单元格

3 个答案: