从具有匹配字符串的2个文件中连接2行

时间:2013-06-07 11:23:19

标签: string fasta

我还是Unix的新手,不过我渴望学习它。 我有2个文件,有些行有一些匹配的子串,我想将这些行连接成一行,留下其他未触动的行。下面是一个例子..

文件1(fasta文件):

>292183
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGGAGGAAGCTTGCTTTCTCTGCCGGCGACCGG CGCACGGGTGAGT
>551166
GTCGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGATTATCTGCCCCGAGGTGGGGGATAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACCGCATATGACCGTGAGGTCA AAGGGGGGTCGCA

文件2:

292183  k__Bacteria
551166  k__Bacteria; p__Acidobacteria

所需的输出:

>292183 k__Bacteria
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGGAGGAAGCTTGCTTTCTCTGCCGGCGACCGG CGCACGGGTGAGT
>551166 k__Bacteria; p__Acidobacteria
GTCGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGATTATCTGCCCCGAGGTGGGGGATAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACCGCATATGACCGTGAGGTCA AAGGGGGGTCGCA

我尝试使用awk和perl,但我从未将它们放入一个文件中..

我感谢任何帮助, 最好的祝福, 中号

1 个答案:

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sed 's/\([0-9]*\).*/s.\1.&./' File_2 | sed -f- File_1