我在某个服务器上有一个ipa / deb文件，通过服务调用我下载该文件并将其保存到我的应用程序文档目录（在app沙箱中）。这个应用程序不是签名的，我必须直接/自动安装在iPhone设备上，无需任何第三方工具，如Cyberduck / iExplorer，甚至不是终端。因此，只有在授予对应用程序的root访问权限或安装应用程序时，如何才能完成编码部分的完整任务。您可以说这个应用程序的行为类似于Cydia的应用程序安装。
提前致谢。
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我认为你的意思是/Applications而不是/root/Applications，因为没有这样的文件夹（至少在我的iOS 5设备上没有）。
由于/Applications文件夹由root拥有755权限。这意味着，非root用户可以读取/执行该文件夹中的文件，但不能写入该文件夹。如果您要写入该文件夹，则需要以root的身份运行您的应用。对您而言，这样做的方法是将应用程序安装在/Applications文件夹中。 （我认为）如果您通过Cydia安装应用程序，则会自动执行此操作。
总而言之：如果您通过App Store（或临时分发）安装应用程序，则无法将应用程序移动到/Applications。您需要通过Cydia安装它，它将直接安装在该文件夹中。
此外，您在评论中提到的答案是关于Mac OS，而不是iOS。