Question

我有一个文件（usearch.txt），其条目如下所示：

0 AM158981
0 AM158980
0 AM158982
等

我想将此文件中的入藏号（AM158981等）替换为与其对应的细菌名称，这些名称位于第二个文件（acs.txt）中：

AM158981布鲁氏菌（Brucella pinnipedialis）布鲁氏菌（Brucellaceae） AM158980 Brucella suis Brucellaceae
AM158982布鲁氏菌（Brucella ceti Brucellaceae）等

我的计划是使用第二个文件（登录号作为键，名称作为值）制作字典，然后打开第一个文件并使用字典替换入藏号并将其保存到新文件（ done.txt）：

#! /usr/bin/env python
import re
# Creates a dictionary for accession numbers

fname = r"acs.txt"

namer = {}
for line in open(fname):
        acs, name = line.split(" ",1)
        namer[acs] = str(name)

infilename = "usearch.txt"
outfilename = "done.txt"

regex = re.compile(r'\d+\s(\w+)')

with open(infilename, 'r') as infile, open(outfilename, 'w') as outfile:
    for line in infile:
        x = regex.sub(r'\1', namer(name), line)

        outfile.write(x)

运行此脚本时出现此错误：Traceback（最近一次调用最后一次）：

  File "nameit.py", line 21, in <module>
  x = regex.sub(r'\1', namer(name), line)
  TypeError: 'dict' object is not callable

理想情况下，我的“done.txt”文件如下所示：

0布鲁氏菌（Brucella pinnipedialis）布鲁氏菌（Brucellaceae） 0布鲁氏菌（Brucella suis）布鲁氏菌（Brucellaceae） 0 Brucella ceti Brucellaceae

Answer 1

您尝试使用namer方法：

x = regex.sub(r'\1', namer(name), line)

您想要用括号替换括号以使用键name访问该元素：

x = regex.sub(r'\1', namer[name], line)

请注意，您还需要重新获取名称，否则您将一遍又一遍地使用相同的密钥：

with open(infilename, 'r') as infile, open(outfilename, 'w') as outfile:
    for line in infile:
        # Need to get the ID for the bacteria in question. If we don't, everything
        # will end up with the same name in our output file.
        _, name = line.split(" ", 1)

        # Strip the newline character
        name = name.strip()

        x = regex.sub(r'\1', namer[name], line)
        outfile.write(x)

用字典值替换文件中的字符串

1 个答案: