Question

我正在尝试使用MongoDB Perl驱动程序对具有这种文档结构的集合进行查询：

{
    "_id" : ObjectId("519fcfa59fb9d97874000001"),
    "variant" : {
        "alt" : "T",
        "ref" : "C",
        "chr" : NumberLong(1),
        "pos" : NumberLong(13302),
        "rsID" : "rs180734498"
    },
    "genotype" : {
        "GT" : "0/0"
    },
    "sample" : {
        "ID" : NumberLong(8751),
        "tags" : [
            "hiseq",
            "exome",
            NumberLong(8751)
        ]
    }
}

以下是我的BAD perl代码的片段：

  my $hom_count = $exomevars->count({
    '$and' => [ {
          "variant.chr" => $chr,
          "variant.pos" => $pos,
          "variant.ref" => $ref,
          "variant.alt" => $alt,
          "genotype.GT" => qr/1\/1/,
          "sample.tags" => { '$nin' => \@these_tags }
          } ]
         });

我的收藏确实已在这些字段上编入索引 -

{
    "v" : 1,
    "key" : {
        "variant.chr" : 1,
        "variant.pos" : 1,
        "variant.ref" : 1,
        "variant.alt" : 1,
        "genotype.GT" : 1,
        "sample.tags" : 1
    },
    "ns" : "vars.exomevars",
    "name" : "variant.chr_1_variant.pos_1_variant.ref_1_variant.alt_1_genotype.GT_1_sample.tags_1"
}

...但我的脚本挂起，没有查询发生。我很确定查询的$ nin / sample.tags部分是我的问题，如果我拿出我的\ @these_tags和硬编码这样的文本，它仍然会挂起而没有查询......

"sample.tags" => { '$nin' => ["stuff","things"] },

还要确保我的@these_tags数组正在使用Data :: Dumper - 似乎我做对了......

print Dumper \@these_tags;
    $VAR1 = [
              'Please',
              'help',
              'stackoverflow',
              'friends'
            ];

这不是qr/1\/1/ - 之前我使用过这个查询，它运行正常。例如，这是脚本的早期版本，我只是尝试基于单个字符串进行排除，此查询可以很好地工作：

  my $hom_count = $exomevars->count({
      '$and' => [ {
          "variant.chr" => $chr,
          "variant.pos" => $pos,
          "variant.ref" => $ref,
          "variant.alt" => $alt,
          "genotype.GT" => qr/1\/1/,
          "sample.ID" => { '$ne' => $this_sample }
          } ]
         });

只有当我将sample.tags数组添加到集合中并现在尝试$nin运算符时，我才会失去...

我已经尝试取出整个$和条款，但仍然没有。我在4节点分片设置和MongoDB-0.700.0 perl驱动程序上使用MongoDB v2.4.3。

关于我哪里出错的指示？我应该提供的任何其他信息？

非常感谢提前!!

Answer 1

我没有尝试完整查询，但绝对不是$nin的问题。使用您的示例文档，我能够运行这些：

perl -MMongoDB -E 'say MongoDB::MongoClient->new->get_database( "so" )
->get_collection("vars")->count( { "sample.tags" => { "\$nin" => [ "hiseq", "foo" ] } } )'

0

perl -MMongoDB -E 'say MongoDB::MongoClient->new->get_database( "so" )
->get_collection("vars")->count( { "sample.tags" => { "\$nin" => [ "narf", "foo" ] } } )'

1

如果您尝试在shell中运行此查询，并使用explain，会发生什么？收藏有多大？

编辑：

您的日志中的这一点很有趣：

$nin: [ [ "Please", "Help", "stackoverflow", "friends" ] ]

你有一个包含数组的数组，但它应该是：

$nin: [ "Please", "Help", "stackoverflow", "friends" ]

你确定你的阵列有你的想法吗？

带有$和$ nin的perl的MongoDB查询

1 个答案: