Question

我正在使用RCaller 2.1.1-SNAPSHOT编写程序。问题是当我使用来自外部库的代码时，它说Routput文件是空的。这是我的代码：

  Random random = new Random();


  RCaller caller = new RCaller();
  RCode code = new RCode();

  caller.setRscriptExecutable("C:/Program Files/R/R-2.14.2/bin/x64/Rscript.exe");

  double[] data = new double[100];

  for (int i = 0; i < data.length; i++) {
    data[i] = random.nextGaussian();
  }

  code.addDoubleArray("x", data);

  code.addRCode("setwd('C:/Radek/')");
  code.addRCode("wd=list.files()");
  code.addRCode("library(Biobase)");
  //code.addRCode("targets=read.AnnotatedDataFrame('targets.txt',row.names=1,as.is=TRUE)");// WHEN I USE THIS IT CRASH
  code.addRCode("my.mean<-mean(x)");
  code.addRCode("my.var<-var(x)");
  code.addRCode("my.sd<-sd(x)");
  code.addRCode("my.min<-min(x)");
  code.addRCode("my.max<-max(x)");
  code.addRCode("my.standardized<-scale(x)");

  code.addRCode(
          "my.all<-list(mean=my.mean, variance=my.var, sd=my.sd, min=my.min, max=my.max, std=my.standardized)");
  caller.setRCode(code);
  caller.runAndReturnResult("wd");

  String[] results;
  results = caller.getParser().getAsStringArray("wd");
  System.out.println("Mean is " + results[0]);

我查了一下： 1.安装并加载RUniversal 2.下载并安装用于使用功能的库。 3当我将RCaller生成的文件中的rCaller请求放入R时，它可以工作。 4. RScript路径中的斜杠是好的，因为我检查了带有注释的有问题的行的结果并且它有效。

有人可以帮我这个吗？

Answer 1

这通常是关于安装程序和程序包的加载程序用户的不同之处。最新的和实验性的RCaller 2.2.0不需要Runiversal。如果您的问题仍然是最新的，您可以尝试一下，如果问题仍然存在，请写在这里。您可以点击链接下载official blog page of RCaller

Answer 2

代码中的部分

code.addRCode(
      "my.all<-list(mean=my.mean, variance=my.var, sd=my.sd, min=my.min, max=my.max, std=my.standardized)");
caller.setRCode(code);

String[] results;
results = caller.getParser().getAsStringArray("wd");

更改部分

caller.runAndReturnResult("wd");

到

caller.runAndReturnResult("my.all");

所以你准备好的列表从R返回给Java。然后使用代码

double[] results;
results = caller.getParser().getAsDoubleArray("mean");

然后，最后打印返回的平均值到屏幕

System.out.println("Mean is " + results[0]);

RCaller Java文件的过早结束，即XML文件为空

2 个答案: