计算和列出SAGE中的图案

Question

问题在http://ask.sagemath.org/question/2612/motifs-and-subgraphs

中得到了正确回答

我在随机有向网络中计算3个图案（3个节点等值连续子图）的数量。这有13个。一个是，例如S1 = {1 - > 2,2 - ＆gt; 3}和另一个S2 = {1 - > 2,2 - ＆gt; 3,1-＆gt; 3}：它们是两个截然不同的主题，当我找到S2时，我不会算上S1。问题是S1在S2中，因此subgraph_search（）在每个S2中找到一个S1并且所有相关函数都继承了问题（错误的计数，错误的迭代器......）。

知道如何解决这个问题吗？类似的事情会发生在4节点的图案上等等......我可以在计算出它们之后从图中删除S2的出现，但那真的是一个非常糟糕的伎俩（如果我想计算4个图案那么危险）

我使用的代码如下：

import numpy
M1 = DiGraph(numpy.array([[0,1,0],[0,0,1],[0,0,0]])) #first motif
M5 = DiGraph(numpy.array([[0,1,1],[0,0,1],[0,0,0]])) #second motif
g = digraphs.RandomDirectedGNP(20,0.1) #a random network
l1 = []
for p in g.subgraph_search_iterator(M1): #search first motif
  l1.append(p) #make a list of its occurences
l5 = []
for p in g.subgraph_search_iterator(M5): #the same for the second motif
  l5.append(p)

Answer 1

诀窍是在http://ask.sagemath.org/question/2612/motifs-and-subgraphs中正确回答subgraph_search（）函数中包含选项indu = true。