Question

我正在进行一些分析，要求我从一个7000x182阵列计算一个距离矩阵（现在是Euclidean，可能是Mahalanobis），这将导致一个7000x7000矩阵（假设我也采用了矩阵的上半部分）。

z <- as.matrix(dist(training.data[1:7000,], diag=TRUE, upper=TRUE))

我遇到的问题是我不断收到“无法分配矢量......”的警告。我已经阅读了足够的知道R无法在我的PC上分配足够的连续内存来执行操作。我的PC有3GB的RAM，尽管我尽了最大的努力或rm（）'对象，使用gc（），通过memory.limit（size = ####）增加我的内存分配，它不起作用。

我喜欢我读过的关于bigmemory库的内容;但是，当我尝试安装它时，我得到一个警告，它在R 2.15.2上不可用。我在这里错过了什么吗？有没有解决的办法？我已经阅读了一些其他用于管理大数据的R工具，但似乎没有像bigmemory那样适应我的任务。

Answer 1

之前我在Windows上使用过bigmemory，看起来我唯一可以使用它的R版本是2.15.3（它应该通过标准调用install.packages轻松安装）。在升级到R 3.0.x之后，似乎对Windows的大量支持是暂时停止＆＃34; （见http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/NEWS）。我也无法让它在R 2.15.2或更早版本上工作;我总是遇到你提到的错误。

我的解决方案是在我的Windows机器上安装R 2.15.3和最新版本的R。我将R 2.15.3用于bigmemory，并在不使用时切换回R 3.1.0。这是一种痛苦，但是大记忆是值得的：）

Answer 2

对我而言，这有效：

install.packages(c("BH","biglm"))
library(devtools)
devtools::install_github('kaneplusplus/bigmemory')
library(bigmemory)

PS你也可以使用

在Windows上安装library(Rdsm)

devtools::install_github('tomwenseleers/Rdsm')
library(Rdsm)

无法在R 2.15.2 Windows中安装bigmemory库

2 个答案: