我试图在phyloclim中使用anc.clim函数，但我遇到了一个错误我不知道如何解决。
我的工作区中有三个项目： etopo是50X14双基质，第一列对应于环境变量的50个区间。每个后续列都标有分类名称。
targetTree是一个包含13个分类群的类phylo的对象，其尖端标签与etopo中的分类对应（通过使用read.nexus从MrBayes中读取.tre文件生成）
prunedPosteriorTrees是一个类multiphylo的对象，包含1000个系统发育树，其中有13个分类群，其中的尖端标签与etopo中的分类群相对应（通过读取来自MrBayes的.t文件使用read.nexus生成）
我已经确认所有三个中的分类群使用geiger的treedata函数匹配。
当我使用这些数据实现anc.clim时，会发生以下情况：
> climateReconstruction <- anc.clim(targetTree, posterior = prunedPosteriorTrees, pno = etopo, n = 2)
Error in noi(old, clades, monophyletic = TRUE) :
tips are not numbered consecutively. Type '?fixTips' for help.
当我输入？fixtips或?? fixTips时，没有找到任何文档。我也搜索了网络和包文档，但没有用。有没有人有这个错误的经验？我该怎么办？
答案 0 :(得分：1)
我已经解决了这个问题。为了他人的帮助：
targetTree nees是一个超参数树，例如BEAST分析产生的树。贝叶斯先生的树木不是超参数。 prunedPosteriorTrees文件也是如此。
fixTips不再存在。它已被fixNodes取代。使用此功能可以解决错误。