R：将值与系统发育中的提示相关联

Question

我有一个系统发育和一些数据（特征值）。我使用ace中的caper重建了所有节点的特征值。

我在makeNodeLabel中使用ape将重建的特征值与其相应的节点相关联。

我想要做的是从R中导出一个nexus文件（系统发育），其中包含两个节点值（重构值）和提示标签（empicalical data） ）。

我想使用颜色代码（在FigTree中）来指示值，但是现在我只能用节点来做这个，即尖端分支没有数据，因此不是“颜色可编码”。

我需要将值与提示相关联才能执行此操作，但我无法弄清楚如何执行此操作。我还需要与系统发育相关联的所有数据都处于“相似类别”，即类似于例如*BEAST中的θ值如何在nexus文件中编码。

非常感谢任何和所有帮助。

Answer 1

我找到了解决方法：

从R导出树（nexus格式），其中重建的特征与节点相关联。在FigTree中打开并将“标签”特征定义为“特征”。从文本文件导入提示注释，该文本文件包含标题为“trait”的列中的经验数据。然后将树从FigTree导出到带有nexus-block的新文件并包含注释。最后，从nexus文件（动物/有机体[＆amp; Trait = 2.35754]）中的名称块复制名称，并将名称与编码树中的名称进行交换。然后，您将通过[＆amp; Trait = value]为节点和提示编码特征值。现在，您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育的提示相关联的经验值。

Sooo，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方式，我很乐意听到它。

Answer 2

您可以在R中尝试“phytools”包。可以执行“plotTree.wBars”功能。祝福。