Question

我正在运行一个加载多个文件的脚本。在达到50个加载的文件后，我收到错误“所有连接都在使用中”。

我想我必须关闭连接，但遇到以下问题。

con = file(paste('/home/rstudio/userstats/',cuserid,'.tsv',sep=""))
userstats_current = read.table(con, sep="\t",  header=0, quote="", stringsAsFactors=F)
close(con)
Error in close.connection(con) : invalid connection

如果我输入以下内容，但一切正常：

con = file(paste('/home/rstudio/userstats/',cuserid,'.tsv',sep=""))
close(con)

当应用read.table时，连接会发生什么事情，以及如何设法关闭这些连接？

更新

感谢您的回复。问题是，当我在一段时间内使用一个核心运行一个foreach循环时，我一直都会收到所有连接错误。

registerDoMC(2)
matrix <- foreach(i=1:nrow(sample), .combine=rbind) %dopar% {....}

Answer 1

错误是由文件不存在时运行read.table引起的。在多次read.table请求时，不会释放光盘连接上不存在的文件（与文件存在时不同）。

为了克服我使用if（file.exists（filename））{read.table（filename）}的问题，这似乎解决了这个问题。谢谢大家帮我解决这个问题。

Answer 2

通过url（）命令

进行http调用时，可能会遇到类似的错误

read.table(url("http://...."),....)

当您尝试连接但获得500服务器错误时，可能会发生这种情况。在这种情况下，read.table可能无法正确关闭连接。在这种循环之后，你将累积http CLOSE_WAIT套接字，你可以使用'netstat -a'查看，导致'所有正在使用的连接'错误。

解决方法是使用RCurl包来执行您的URL连接，这在Stack Overflow问题中有所描述：

堆栈溢出： read data from internet

关闭R中的read.table连接

2 个答案: