使用R脚本的阵列作业

时间:2013-05-13 20:30:41

标签: r job-scheduling snow

我有一个R脚本,我目前在我们的Linux HPC上用作交互式会话。

脚本本身根据项目集/列表进行测试,并使用snow运行10,000个测试排列以创建一个集群来完成permations(要运行它我登录到整个节点并使用所有处理器我可以获得)即:

cl <- makeCluster(rep("localhost",10), type = "SOCK")
shortlist <-longlist[1]
test.result <- test(cl=cl, data=data, items=shortlist, permutations=10000)

对于列表中的每个项目,使用排列的测试需要约3小时。我有大约1500件物品要运行,所以我想要:

- 制作一个可以生成大量R我的脚本的脚本,按顺序编号,每个绘图在1-2个项目上,每个项目可以使用数组作业包装器单独提交。

- 或者更聪明的东西意味着我不必生成750-1500个R脚本但结果相同。

所以我知道如何在BASH脚本中提交R脚本,但我不知道如何在R脚本中迭代列表。可能它真的很容易,这可能是我无法找到相关的东西(或我使用错误的术语?)任何指针欢迎。

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