Question

我想找到距离为2的所有节点的邻居，以获得一个不那么小的网络（5000个节点和25k个无向边缘）。现在我正在使用：

ArrayList<Node> twoDistNei = new ArrayList<Node>();
Collection<Node> myThreads = g.getNeighbors(u);
for(Node t:myThreads){
    Collection<Node> neighbors = g.getNeighbors(t);
    for(Node uu:neighbors){
       if(!twoDistNei.contains(uu)){
           twoDistNei.add(uu);
        }
    }
}

但它真的很慢，我想知道是否有更有效和快速的方法来实现这一目标。

编辑：我设法使用了KNeighborhoodFilter，这就是我提出的：

KNeighborhoodFilter filter = new KNeighborhoodFilter(u, 2,KNeighborhoodFilter.EdgeType.IN_OUT);
Graph<Node, Edge> transform = filter.transform(zpa);
Collection<Node> vertices = transform.getVertices();
Set<Node> twoDistThreads = new HashSet<Node>();
for (Node v : vertices) {
    if(v.getColor().equals("blue")){
       twoDistThreads.add((Thread)v);         
    }
    System.out.println("thread " + v.getName() + " has color " + v.getColor());
}

现在我看到过滤器只允许转换（）原始网络并引入一个包含所有选定节点的子图（加上链接到所选节点的节点......但为什么？）。这意味着我必须过滤新的节点集合以仅捕获我感兴趣的2-dist顶点 - 我有一个二分图，其中一组节点是“蓝色”而另一个是“红色”。我在这里做事，@约书亚？谢谢你的帮助！

祝你好运，西蒙

Answer 1

这就是KNeighborhoodFilter的用途： http://jung.sourceforge.net/doc/api/edu/uci/ics/jung/algorithms/filters/KNeighborhoodFilter.html

Answer 2

你在双循环中获取所有邻居的方法就好了。你是而且应该依靠荣格为你争取所有邻居。如果你对Jung获得所有邻居的方法不满意，你可以1）改进Jung或2）使用别的东西，但我怀疑这实际上是问题：

您正在使用一种非常慢的方法来确保您不使用ArrayList存储两次相同的邻居：

  if(!twoDistNei.contains(uu)){
       twoDistNei.add(uu);
    }

ArrayList.contains所做的只是遍历所有项目以检查它是否具有特定项目，因此twoDistNei数组越大，包含方法变得越慢。这称为线性时间算法，因此在这种情况下线性到ArrayList中的项目数量。有一些恒定时间算法可以达到同样的效果，但无论你的数组多大，总是需要相同的时间。

我建议您使用HashSet而不是ArrayList，如下所示：

HashSet<Node> twoDistNei = new HashSet<Node>();
Collection<Node> myThreads = g.getNeighbors(u);
for(Node t:myThreads){
    twoDistNei.addAll( g.getNeighbors(t) );
}

HashSet的一个定义属性是它不存储重复的条目，所以你可以简单地使用addAll，一切都会被处理掉。此外，HashSet使用基于hashCode的索引构建内部数组，从而平均实现恒定的时间性能。

希望这有帮助！：）

与JUNG找到距离2的邻居

2 个答案: