我的文字文件如下所示:
10May2013 3.1 http://ncbi.org p.sojae_aafeatureimp p.sojae_aafeatureimp
10May2013 3.2 http://ncbi.org p.sojae_aasequenceimp p.sojae_aasequenceimp
10May2013 3.3 http://ncbi.org p.sojae_blatalignment p.sojae_blatalignment
如何解析这些单独的行并将其插入我的数据库?
数据库结构:(日期,版本,网址,名称,说明)
我必须使用Python将文本文件中的值插入到mysql中。到目前为止,我的脚本就像:
import MySQLdb, csv, sys
with open('externaldatabase.txt') as textfile:
csvreader = csv.reader(textfile)
csvdata = []
for row in csvreader:
csvdata.append(row)
conn = MySQLdb.connect (host = "localhost",user = "username", passwd = "password",db = "database_name")
c = conn.cursor()
for row in csvdata:
# Insert a row of data
c.execute("INSERT INTO externaldatabase (release_date, version, download_url, name, description) VALUES ('%s', '%s', '%s', '%s', '%s')" % (row))
conn.commit()
c.close()
但它让我犯了错误:
Traceback (most recent call last):
File "csv1.py", line 16, in <module>
c.execute("INSERT INTO externaldatabase (release_date, version, download_url, name, description) VALUES ('%s', '%s', '%s', '%s', '%s')" % (row))
TypeError: not enough arguments for format string
答案 0 :(得分:1)
您需要将分隔符设置为csv.reader函数:
csvreader = csv.reader(textfile, delimiter='\t')
您没有在代码中执行此操作,因此Python不会拆分CSV文件的行。这就是它给出错误的原因。
如果您的文件包含MySQL表的所有列,则可以使用LOAD DATA INFILE 命令。它要快得多,然后逐行加载。
LOAD DATA INFILE 'externaldatabase.txt'
INTO TABLE database_name.externaldatabase
FIELDS TERMINATED BY '\t';