HUGE String上的Ruby String操作

时间:2013-05-08 11:34:40

标签: ruby string memory

我有一个大小约为10 GB的字符串(大量的RAM使用...)。 问题是,我需要执行像gsub和split这样的字符串操作。 我注意到Ruby会在某个时刻“停止工作”(但不会产生任何错误)。

示例:

str = HUGE_STRING_10_GB

# I will try to split the string using .split:
str.split("\r\n")
# but Ruby will instead just return an array with 
# the full unsplitted string itself...

# let's break this down:
# each of those attempts doesn't cause problems and 
# returns arrays with thousands or even millions of items (lines)
str[0..999].split("\r\n")
str[0..999_999].split("\r\n")
str[0..999_999_999].split("\r\n")

# starting from here, problems will occur
str[0..1_999_999_999].split("\r\n")

我正在使用Ruby MRI 1.8.7, 这有什么不对? 为什么Ruby无法对巨大的字符串执行字符串操作? 什么是解决方案?

我想出的唯一解决方案是使用[0..9],[10..19],“循环”字符串,并逐个执行字符串操作。然而,这似乎是不可靠的,例如,如果我的拆分分隔符很长并且落在两个“部分”之间。

实际上正常工作的另一个解决方案是像str.each_line {..}一样迭代字符串。 但是,这只是替换了换行符分隔符。

编辑: 感谢所有这些答案。 就我而言,“巨大的10 GB STRING”实际上是从互联网上下载的。 它包含由特定序列分隔的数据(在大多数情况下是简单的换行符)。 在我的场景中,我将10 GB文件的EACH ELEMENT与我脚本中已有的另一个(较小的)数据集进行比较。我感谢所有的建议。

6 个答案:

答案 0 :(得分:8)

这是针对现实日志文件的基准测试。在用于读取文件的方法中,只有使用foreach的方法是可扩展的,因为它避免了文件的污染。

使用lazy会增加开销,导致比单独map更慢的时间。

请注意,就处理速度而言,foreach就在那里,并产生可扩展的解决方案。 Ruby不会关心这个文件是数万亿还是数十亿的TB,它仍然只能看到一行一行。有关阅读文件的一些相关信息,请参阅“Why is "slurping" a file not a good practice?”。

人们常常倾向于使用能够同时拉入整个文件的东西,然后将其分成几部分。这忽略了Ruby必须要做的工作,即使用split或类似的方式基于行结束重建数组。这就加起来了,这也是我认为foreach向前推进的原因。

另请注意,两次基准测试之间的结果略有不同。这可能是因为作业正在运行时,我的Mac Pro上运行的系统任务。重要的是,显示区别是洗,确认使用foreach是处理大文件的正确方法,因为如果输入文件超出可用内存,它不会杀死机器。

require 'benchmark'

REGEX = /\bfoo\z/
LOG = 'debug.log'
N = 1

# each_line: "Splits str using the supplied parameter as the record separator
# ($/ by default), passing each substring in turn to the supplied block."
#
# Because the file is read into a string, then split into lines, this isn't
# scalable. It will work if Ruby has enough memory to hold the string plus all
# other variables and its overhead.
def lazy_map(filename)
  File.open("lazy_map.out", 'w') do |fo|
    fo.puts File.readlines(filename).lazy.map { |li|
      li.gsub(REGEX, 'bar')
    }.force
  end
end

# each_line: "Splits str using the supplied parameter as the record separator
# ($/ by default), passing each substring in turn to the supplied block."
#
# Because the file is read into a string, then split into lines, this isn't
# scalable. It will work if Ruby has enough memory to hold the string plus all
# other variables and its overhead.
def map(filename)
  File.open("map.out", 'w') do |fo|
    fo.puts File.readlines(filename).map { |li|
      li.gsub(REGEX, 'bar')
    }
  end
end

# "Reads the entire file specified by name as individual lines, and returns
# those lines in an array."
# 
# As a result of returning all the lines in an array this isn't scalable. It
# will work if Ruby has enough memory to hold the array plus all other
# variables and its overhead.
def readlines(filename)
  File.open("readlines.out", 'w') do |fo|
    File.readlines(filename).each do |li|
      fo.puts li.gsub(REGEX, 'bar')
    end
  end
end

# This is completely scalable because no file slurping is involved.
# "Executes the block for every line in the named I/O port..."
#
# It's slower, but it works reliably.
def foreach(filename)
  File.open("foreach.out", 'w') do |fo|
    File.foreach(filename) do |li|
      fo.puts li.gsub(REGEX, 'bar')
    end
  end
end

puts "Ruby version: #{ RUBY_VERSION }"
puts "log bytes: #{ File.size(LOG) }"
puts "log lines: #{ `wc -l #{ LOG }`.to_i }"

2.times do
  Benchmark.bm(13) do |b|
    b.report('lazy_map')  { lazy_map(LOG)  }
    b.report('map')       { map(LOG)       }
    b.report('readlines') { readlines(LOG) }
    b.report('foreach')   { foreach(LOG)   }
  end
end

%w[lazy_map map readlines foreach].each do |s|
  puts `wc #{ s }.out`
end

结果是:

Ruby version: 2.0.0
log bytes: 733978797
log lines: 5540058
                    user     system      total        real
lazy_map       35.010000   4.120000  39.130000 ( 43.688429)
map            29.510000   7.440000  36.950000 ( 43.544893)
readlines      28.750000   9.860000  38.610000 ( 43.578684)
foreach        25.380000   4.120000  29.500000 ( 35.414149)
                    user     system      total        real
lazy_map       32.350000   9.000000  41.350000 ( 51.567903)
map            24.740000   3.410000  28.150000 ( 32.540841)
readlines      24.490000   7.330000  31.820000 ( 37.873325)
foreach        26.460000   2.540000  29.000000 ( 33.599926)
5540058 83892946 733978797 lazy_map.out
5540058 83892946 733978797 map.out
5540058 83892946 733978797 readlines.out
5540058 83892946 733978797 foreach.out

使用gsub是无害的,因为每种方法都使用它,但不需要它,并且添加了一些无聊的阻性负载。

答案 1 :(得分:4)

如果你想逐行处理一个大文件,这将更有弹性,更少占用内存:

File.open('big_file.log') do |file|
  file.each_line do |line|
     # Process the line
  end
end

这种方法不允许您交叉引用行,但如果您需要,请考虑使用临时数据库。

答案 2 :(得分:2)

之前我遇到过这个问题。不幸的是,Ruby没有相应的Perl Tie::File,它处理磁盘上的文件行。如果您在机器上安装了Perl并且不担心只对Ruby不忠,请提供以下代码:

use strict;
use Tie::File;

my $filename = shift;

tie my @lines, 'Tie::File', $filename 
    or die "Coud not open $filename\n";

for (@lines) {              # process all the lines as you see fit
    s/RUBY/ruby/g;         
    }

# you can cross reference lines if necessary

$lines[0] = $lines[99] . "!";   # replace the content of the first line with that 100th + "!"

untie @lines;

您可以根据需要处理文件(差不多)。

如果你可以使用Ruby 2.0,那么解决方案就是构建一个枚举器(即使是懒惰的,在处理时会减少内存消耗)。比如说这样(根据需要进行处理,比没有.lazy时更快,所以我猜文件没有完全加载到内存中,并且每行都在我们处理时被释放):

File.open("dummy.txt") do |f| 
    f.lazy.map do |l|
        l.gsub(/ruby/, "RUBY")
    end.first(10)
end

所有这些还取决于您如何处理输出。


我做了一些基准测试。在Ruby 2.0.0上,至少each_line保持内存消耗相当低:64 MB以下处理512 MB文件(其中每行有“RUBY”字样)。懒惰(在下面的代码中用each_line替换lazy.each)并没有提供内存使用和执行时间方面的任何改进。

File.open("dummy", "w") do |out|
    File.open("DUMMY") do |f| 
        f.each_line do |l|
            out.puts l.gsub(/RUBY/, "ruby")
        end
    end
end

答案 3 :(得分:1)

你甚至有10 + GB的字符串在内存中吗?

我假设字符串是从文件加载的,所以考虑直接使用each_line处理文件或者某个东西来处理该文件......

答案 4 :(得分:1)

  

我注意到Ruby会在某些时候“停止工作”(...)我正在使用Ruby MRI 1.8.7,这里有什么问题?

除非你有很多内存,否则这是因为你在你的应用程序级别遇到thrashing,也就是说,每次获得CPU控制时都不会做太多事情,因为它已经交换了磁盘中的内存始终存在。

  

为什么Ruby无法对巨大的字符串执行字符串操作?

我怀疑没有人,除非从文件中读取部分内容。

  

这里的解决方案是什么?

我不禁注意到你试图将文件拆分为字符串,然后想要匹配正则表达式中的子字符串。所以我可以看到两个替代方案

  1. (简单):如果您的正则表达式只使用一行,您可以在文本文件中使用此文本执行更好的操作并执行grep系统调用以检索您需要的任何内容 - 已经创建了grep处理大文件,所以你不必自己担心。

  2. (复杂):但是,如果您的正则表达式是多行正则表达式,则必须使用read调用来读取文件的某些部分,指定您希望一次读取多少字节。然后,您将必须管理匹配的内容,并连接不匹配的字符串的结尾,因为将其与下一部分字节连接起来可以创建匹配模式。在这一点上,正如@Dogbert建议的那样,你可能会开始考虑改为使用静态语言,因为无论如何你都会在低级编程。也许创建一个ruby C扩展?

  3. 如果您需要有关您的方法的更多详细信息,请告诉我,我可以写更多关于上述两个中的一个。

答案 5 :(得分:1)

假设从磁盘读取字符串,您可以使用foreach一次读取和处理一行,将每一行写回磁盘。类似的东西:

File.open("processed_file", "w") do |dest|
  File.foreach("big_file", "\r\n") do |line|
    # processing goes here
    dest << line
  end
end