Question

我从来没有使用过R，但现在我需要导入一个稀疏矩阵来做R中的关联规则我的导入数据是一个稀疏矩阵，如下所示：

我 j x
  1 2 3 1
  2 3 5 1
  3 3 1 1
  4 2 5 1
  。。。。
  。。。。
  200000000。。点。

稀疏矩阵大小 200,000,000 X 3 ，矩阵 200000 X 100000 （大数据？）

我想用这个数据来做R，
中的关联规则是使用'包arule ' itemMatrix-class ＆amp; tidLists-class（）？或其他人？

怎么办？

我喜欢这样但不行：

channel <- odbcConnect("test")
data<-sqlQuery(channel,"select i,j,x from table") # it's work 
(args <- data.frame(data))                    # it's work ,print sparse matrix
#    i j x
#1   2 3 1
#2   3 5 1
#3   3 1 1 
#3   2 5 1 
# ....
(Aa <- do.call(sparseMatrix, args))           # it's work ,print sparse Matrix of class "dgCMatrix"
# 200000 X 100000 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#      1 2 3 4 5....
# [1,] . . . . .
# [2,] . . | . |
# [3,] | . . . |
# ....
rules <- apriori(Aa)                          # it's not work 

Error in as(data, "transactions") : 
no method or default for coercing “dgCMatrix” to “transactions”

在apriori函数中可以使用稀疏矩阵吗？也许我使用了错误的包裹？
我需要稀疏矩阵 - ＆gt;矩阵 - >关联规则？
或稀疏矩阵 - >关联规则？

Answer 1

导入 i，j ：

library(RODBC)
library(arulse)
channel <- odbcConnect("DB", uid="XXXX", pwd="XXXX")
data<-sqlQuery(channel,"select distinct i as TID,j as item from table")
trans <- as(split(data[,"item"], data[,"TID"]), "transactions") # add this
rules <- apriori(trans)

Answer 2

在内部，arules过去常常使用dgcMatrix，但切换到效率更高的ngcMatrix（二进制）。如果我们转换为那个，我们就会冷静下来。

library(tidyverse)
library(arules)

data = data.frame(ID = sample(LETTERS[1:3], 20, T), item = sample(letters[1:5], 20, T), stringsAsFactors = F)

data %>%
  unique %>%
  xtabs(~ item + ID, data = ., sparse = T) ->
  m

head(m)
#> 3 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   a b c d e
#> A . 1 1 1 1
#> B 1 . 1 1 1
#> C . 1 1 1 .

apriori(m)
#> Error in as(data, "transactions"): no method or default for coercing "dgCMatrix" to "transactions"

这是我们所期望的错误 - 但如果我们转换为另一个稀疏矩阵（非常快） -

m1 <- as(m, "ngCMatrix")

apriori(m1)
#> Apriori
#> 
#> Parameter specification:
#>  confidence minval smax arem  aval originalSupport maxtime support minlen
#>         0.8    0.1    1 none FALSE            TRUE       5     0.1      1
#>  maxlen target   ext
#>      10  rules FALSE
#> 
#> Algorithmic control:
#>  filter tree heap memopt load sort verbose
#>     0.1 TRUE TRUE  FALSE TRUE    2    TRUE
#> 
#> Absolute minimum support count: 0 
#> 
#> set item appearances ...[0 item(s)] done [0.00s].
#> set transactions ...[3 item(s), 5 transaction(s)] done [0.00s].
#> sorting and recoding items ... [3 item(s)] done [0.00s].
#> creating transaction tree ... done [0.00s].
#> checking subsets of size 1 2 3 done [0.00s].
#> writing ... [4 rule(s)] done [0.00s].
#> creating S4 object  ... done [0.00s].
#> set of 4 rules

一切正常。

可以导入稀疏矩阵在R中做关联规则吗？

2 个答案: