Question

我已将DNA代码(A,T,G,C)的用户输入转换为RNA代码(A,U,G,C)。这很容易

RNA_Code=DNA_Code.replace('T','U')

现在我需要做的下一件事就是将RNA_Code转换成它的赞美链。这意味着我需要用U代替A，用A代替A，用C代替C，用G代替C，但同时代替。

如果我说

RNA_Code.replace('A','U')
RNA_Code.replace('U','A')

它将所有的As转换为我们，然后将所有的Us转换为As，但我留下了所有的As。两者都是。

我需要使用AUUUGCGGCAAA之类的内容并将其转换为UAAACGCCGUUU。

关于如何完成这项工作的任何想法？（3.3）

Answer 1

使用翻译表：

RNA_compliment = {
    ord('A'): 'U', ord('U'): 'A',
    ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}

RNA_Code.translate(RNA_compliment)

str.translate() method采用从代码点（数字）到替换字符的映射。 ord() function为我们提供了给定角色的代码点，使您可以轻松构建地图。

演示：

>>> RNA_compliment = {ord('A'): 'U', ord('U'): 'A', ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}
>>> 'AUUUGCGGCAAA'.translate(RNA_compliment)
'UAAACGCCGUUU'

Answer 2

您可以使用映射字典：

In [1]: dic={"A":"U","U":"A","G":"C","C":"G"}

In [2]: strs="AUUUGCGGCAAA"

In [3]: "".join(dic[x] for x in strs)
Out[3]: 'UAAACGCCGUUU'

Answer 3

如果您还没有使用它，我建议您尝试Biopython。它具有处理生物数据的各种功能，包括非常酷的Seq对象。有一个reverse_complement()函数可以完成您正在尝试的功能，还有一些您可能还没想过的功能。看看它，这是一个真正节省时间。

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import generic_dna
>>> my_dna = Seq("AGTACACTGGT", generic_dna)
>>> my_dna
Seq('AGTACACTGGT', DNAAlphabet())
>>> my_dna.complement()
Seq('TCATGTGACCA', DNAAlphabet())
>>> my_dna.reverse_complement()
Seq('ACCAGTGTACT', DNAAlphabet())

Answer 4

我有一个简单的解决方案：

# get the sequence from the user:

dna_seq = input("Please enter your sequence here: ")

# make a for loop to read the seq one nucleotide at a time and add each one in a new variable

compliment = ""

for n in dna_seq:

    if n == "A":
        compliment = compliment + "T"
    elif n == "T":
        compliment = compliment + "A"
    elif n == "G":
        compliment = compliment + "C"
    elif n == "C":
        compliment = compliment + "G"

print(compliment)

同时.replace功能

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